Царь Федор находился под влиянием своей жены, а Борис был постоянно дружен с ней, а потому стоял ближе к стоял ближе к нею, а потому стоял ближе всех к царю, и никто не в силах был оттеснить его. Единственным опасным соперником мог быть дядя царя Никита Романов, но этот старик в тот же год был поражен параличом и хотя жил до апреля 1586 года, но уже не принимал участия в делах. Из двух оставшихся соправителей Бориса, Мстиславский был человек ограниченный и мог играть роль только по научению других благодаря своей знатности; более опасности представлял для Бориса князь Иван Петрович Шуйский; у него была сильная партия не только между знатными людьми, но и между московскими купцами. Князь Иван Шуйский имел поддержку в митрополите Дионисии.

Полтора года Борис уживался со своими товарищами, но уже захватил в свои руки управление всеми делами , так что и иностранцы обращались мимо этих товарищей к нему как к единственному правителю государства. В это время Борис Годунов начал любимое дело - постройку городов, чем отличался во все продолжение своей жизни, справедливо сознавая пользу этой меры государства. Таким образом, для укрощения черемисов Борис, приказал строить по берегам Цивильск, Уржум, Царево-санчурск, а ниже по течению Волги - Саратов, Переволоку, Царицын. Астрахань была обведена каменной стеной. На севере в 1584 году построен Архангельск, сделавшийся тотчас же важнейшим торговым пунктом . В самой Москве в 1586 году построена была Белгородская стена. На юге в 1586 году построены были Ливны, возобновлены Курск и Воронеж. От города до города устраивались станицы для поселения на привольных, но пустых местах.

Борис был милостив к тем, которые были с ним заодно , и в то время особенно приблизил к себе двух братьев , дьяков Щелкаловых, из которых Андрей был посольским, а Василий - разрядным дьяком. Но Борис не допускал долгое время проживать спокойно тем, в которых видел себе соперников и недоброжелателей. Борис именем царя приказал сослать Мстиславского в Кирилло-Белозерский монастырь и постричь.

Расправившись со Мстиславским, Годунов дождался случая разделаться с Шуйским. Им были переданы многие из московских торговых людей; ожидая от Годунова чего-нибудь враждебного к Шуйским, они заранее кричали , что побьют Годунова камнями, если он тронет кого либо из этого рода. Митрополит Дионисий пытался было примирить и сдружить между собой Годунова и Ивана Петровича Шуйского; он пригласил и того и другого к себе. Они наружно помирились. Спустя несколько времени холопы Шуйских, Федор Старов с товарищами подали донос, будто существует заговор против государя, которым руководят князья Шуйские. Летописцы говорят , что сам Борис подучил доносчиков; в этом случае он действовал по примеру царя Ивана, который не раз пользовался такими же ложными доносами, чтобы придать личину справедливости своим убийствам. По доносу Старова , взяли под стражу князей Ивана Петровича и Андрея Ивановича Шуйских, князя Василия Скопина-Шуйского, разных их друзей, князей Ивана Петровича и Андрея Ивановича Шуйских сначала поговорили только удалить в их вотчины, но когда они туда приехали , то их схватили , увезли одного на Белоозеро, другого в Каргополь и удавили.

С этих пор Борис сделался вполне единым и самовластным правителем в Московском государстве. На будущее время беспокоили воображение Бориса потомки царской линии - царевич Димитрий и Мария, вдова короля Магнуса (дочь Владимира Андреевича) с малолетней дочерью Евфимией. Он поручил английскому купцу Горсею уговорить Марию Владимировну переехать с дочерью в Москву из Риги . Королева с дочерью убежала из Риги и прибыла в Москву на почтовых лошадях. Сначала Борис принял ее, как обещал, наделил вотчинами , деньгами , а через несколько времени именем царя ее разлучили с дочерью, увезли и постригли в Пятницком монастыре близ Троицы. В 1589 году маленькую дочь ее похоронили у Троицы с почестями, как королеву. Борис приказал тайно умертвить ее.

В декабре 1586 года умер Стефан Баторий. В следующем году в Польше началось обычное избрание нового короля, в котором важное участие приняло Московское государство. Борис увидел возможность посадить на польско-литовский престол Федора, сообразно давнему желанию литовских панов соединиться с Московским государством посредством возведения на свой престол московского государя. Борис вероятно рассчитывал , что расположение к нему Польши и Литвы пригодится со временем, и потому-то при венчании Федора .

В Польше в то время образовались три партии: одна, под предводительством Зборовских , хотела выбрать австрийского принца Максимилиана. Другая, во главе которой был канцлер и гетман Замойский, склонялась к избранию шведского королевича Сигизмунда, сына короля Иоанна и польской принцессы Екатерины. Третья, состоявшая преимущественно из литовских панов, хотела московского государя. Послы отправились в Польшу и повезли сорок восемь писем к разным панам с самыми лестными предложениями. Русский царь обещал защищать польско-литовские владения московскими силами, строить на свой счет крепости, отвоевать у шведов и отдать Речи Посполитой Эстонию, предоставить свободную торговлю польско-литовским людям в Московском государстве, а главное, он обещал не вступаться вовсе в королевские доходы и все отдать панам в управление, так что если новый государь приедет в Польшу, то не только не потребует от них никаких денег на свое содержание, но еще будет раздавать им свою казну.

Предложения были действительно соблазнительны.

Главное препятствие к выбору Федора заключалось в денежном вопросе. Паны говорили им, что нужны деньги , чтобы подкрепить царскую сторону на сейме. Послам негде было достать денег. Тогда на сейме одна польская партия выбрала Максимилиана, другая - Сигизмунда. Литовцы не приставали ни к той, ни к другой и еще раз пытались сойти с московскими послами. Захочет ли государь взять одну Литву, если поляки не согласятся на его избрание?

Борис , узнав о том от послов, отправил панам литовским дары на 20000 рублей, обещая дать еще деньгами 70000. Но уже было поздно: поляки успели сойтись с литовцами и склонить их на сторону Сигизмунда. Избрание кончилось в пользу Сигизмунда. Максимилиан пытался было добывать польскую корону оружием, но был разбит Замойским, взят в плен и выпущен под условием отказа от всяких притязаний. на польский престол.

Таким образом, в Польше сел на престол государь , которого особенно не желали в Москве : сын шведского короля, с которым Московское государство находилось не в дружелюбных отношениях . Политика Бориса, однако, была не воинственна; он думал достигнуть политических целей хитростью и хотел находиться, насколько возможно, в мире со всеми соседями. С Швецией существовало ещё прежнее перемирие, продолженное на четыре года в 1585 году. В отношениях в Крыму, Москве помогали междоусобия, возникшие в этой стране.

Борис по восшествии Федора на престол, отправлял посольство в Турцию с изъявлением своего миролюбия. Там приняли московского посла хотя миролюбиво, но довольно надменно. На юго-востоке, в 1586 году, кахетинский царь Александр отдался в подданство московскому государю.