Во время неоднократных и продолжительных поездок в Петербург для написания магистерской диссертации Милюков сблизился и с петербург­ской школой историков. Среди них — Е. Ф. Шмурло, В. А. Мякотин, К. Н. Бестужев-Рюмин, С. М. Середонин, А. С. Лаппо-Данилевский, Н. П. Павлов-Сильванский, В. И. Семевский, С. Ф. Платонов. Общение с ними давало много для профессиональной работы.

17 мая 1892 г. в актовом зале Московского университета Милюков защищал свою магистерскую диссертацию «Государственное хозяйство России в первой четверти XVIII столетия и реформа Петра Великого». Защита проходила по вышедшей одноименной книге. Работа была постро­ена на огромном документальном материале, впервые вводимым автором в научный оборот. Новым явился и замысел исследования: раскрытие связи реформы Петра I в области государственного устройства с государственной экономикой страны. Европеизация России являлась для Милюкова неиз­бежным результатом ее внутренней эволюции, одинаковой как для Евро­пы, так и для России, но задержанной условиями среды. Идея подготов­ленности, органичности реформ Петра I была завоеванием предшествую­щей исторической мысли. При этом в работе утверждался тезис об огра­ниченности личного влияния Петра I на проведение самих реформ.

В начале 1890-х годов состоялось знакомство Милюкова с Л. Тол­стым. Н. Я. Грот пригласил Милюкова на чтение статьи Толстого «Тулон и Кронштадт», которое прошло при молчаливом участии слушателей. Вскоре состоялась новая встреча с Толстым. Его заинтересовало мнение «ученых людей» о христианской религии. От Милюкова Толстой хотел услышать мнение о смысле истории. Сам факт этого обращения свиде­тельствовал о значимости и популярности Милюкова в среде ученых и интеллигенции. К этому времени относится и начало просветительской деятельности Милюкова, связанной с Московским комитетом грамотности, Комиссией по самообразованию. В один из своих отпускных периодов Милюков специ­ально съездил в Англию, чтобы познакомиться с системой образования в Кембридже и использовать опыт этой работы в России. От лекционного бюро Комиссии он ездил в Нижний Новгород, где читал лекции «Об об­щественных движениях в России». Его лекции содержали намеки на общие чаяния свободы и осуждение само­державия. Вскоре последовал приказ об увольнении Милюкова из универ­ситета, и его выслали в Рязань — город, в котором не было высших учебных заведений.

Годы ссылок

Началась трехгодичная рязанская ссылка. Сюда Милюков перевез свою библиотеку, чтобы продолжить научную работу. Здесь были написа­ны отдельные части «Очерков по истории русской культуры». Этот труд занял особое место в научном наследии Милюкова. Первое издание «Очерков» вышло в 1896—1903 гг. В «Очерках» была сформулирована научная концепция историка: Россия развивается в русле западноевропейских закономерностей с присущими ей замедленными темпами роста. Однако в отличие от Запада социальное и экономическое развитие России, по Милюкову, шло главным образом под воздействием государства, сверху вниз. Милюков недооценивал роль эко­номического и социального факторов и переоценивал роль государства. Неотъемлемой частью его концепции было утверждение о низком уровне русской культуры, фактическое отрицание ее достижений до XVIII в.

1897—1899 гг. Милюков провел в Болгарии и Македонии. В Высшем Софийском училище, куда его пригласили возглавить кафедру всеобщей истории, он читал два курса: один по всеобщей истории — период падения Римской империи и переход к средним векам и второй, посвященный древностям и археологии. Милюков читал лекции и вел се­минары по-русски, осваивая одновременно и болгарский язык. Контакты с прогрессивными болгарскими деятелями, игнорирование приема у русского посла в день рождения Николая II привели к отставке Милюкова. Ему выплатили годовое содержание. Оставался еще год до окончания ссылки из России. Этот год Милюков провел в Болгарии. Его болгарские друзья пробудили интерес к своей стране, ее освободительной борьбе и глубокие симпатии к болгарскому народу. Итогом явились статьи Милюкова о бол­гарской конституции и сербо-болгарских отношениях.

В 1899 году Милюков возвратился в Петербург. За участие в собра­нии, посвященном памяти П. Л. Лаврова, проходившем в Горном инсти­туте в декабре 1900 года, Милюков был вновь арестован и посажен в тюрьму, где продолжал работу над 3-й частью «Очерков». Через полгода он был освобожден до исполнения приговора с запрещением жить в Пе­тербурге. Милюков с семьей поселился на станции Удельной под Петер­бургом. Вскоре состоялось решение по делу Милюкова: его приговорили к по­лугодовому заключению в тюрьме, Милюков, однако, получил желаемую отсрочку — ему разрешена была поездка в Англию для усовершенствова­ния в английском языке. По возвращении из Англии, выполняя обещание вернуться в тюрьму, он отправился в «Кресты». В тюрьме Милюков про­должал читать и работать; его посещали родные и знакомые.

В один из тех дней Милюков неожиданно был вызван министром внутренних дел В. К. Плеве. Плеве создал атмосферу доверительной беседы и со­общил Милюкову, что Ключевский ходатайствовал перед государем об его освобождении, считая, что он нужен для науки. Здесь же Плеве сделал комплименты Милюкову за его «Очерки». Эта беседа раскрыла Плеве оппозиционность Милюкова. На вопрос министра, согласился ли бы Милю­ков занять пост министра народного просвещения, тот откровенно ответил, что никогда бы не принял на себя подобной миссии, так как она этом месте ничего нельзя сделать. «Вот, если бы Ваше превосходительство предложили мне занять ваше место, тогда я бы еще подумал». Из этого ответа, — писал Милюков, — Плеве «узнал обо мне больше, чем ожи­дал», но он был скован ручательством Ключевского и поручением госуда­ря. «Я сделал вывод из нашей беседы, — сказал напоследок Плеве, — Вы с нами не примиритесь. По крайней мере, не вступайте с нами в от­крытую борьбу. Иначе мы вас сметем». Милюков был освобожден с предписанием продолжать жить в Удельной.

Лето 1903 года Милюков провел в Чикаго, где прочел 12 лек­ций, затем читал их в Бостоне, в Гарварде. Он знакомил американцев с историей России, рассказывал им, что есть две России — казенная и на­родная, что растет народное недовольство и что американская и европей­ская демократии должны почувствовать свою общность с возрождающейся русской демократией. «Я . не отказывался ни от одного приглашения, — вспоминал он,— не только ради распространения верных сведении о Рос­сии, но и для того, чтобы самому научиться говорить экспромтом и усво­ить себе особенности американского произношения моих собеседников».

Конец зимы 1903-1904 г. он провел в Англии. Здесь самое сильное впечатление на него произвела английская политическая жизнь. «Эти наблюдения в очень значительной степени помогли мне, — писал он, — выработать в подробностях мое собственное политическое мировоз­зрение. Он познакомился с английскими радикалами, для которых была значима его «репутация узника в царской тюрьме и провозвестни­ка грядущей русской революции». Милюкова принимали гостеприимно и торже­ственно, в том числе он встречался и с русскими эмигрантами: И. В. Шкловским, Ф. Волховским, П. Кропоткиным. В Лондоне он работал в Британском музее, собирая материалы по истории России.