Договорные принципы, благодаря которым прежнему правителю Бёгю-кагану удалось утвердиться в таримских оазисах, были нарушены, — узурпатор выгодам торговли предпочел ограбление согдийских и тюркских общин. Последствия не заставили себя ждать — города Притяньшанья восстали, а соседи, — карлуки и тибетцы, заключив между собой союз, поддержали восставших. Как пишет китайский историограф, “тюрки в белых одеждах”, т.е. манихеи, вместе с карлуками нанесли несколько серьезных поражений командующему уйгурской армией Иль Угеси; в 790 г. тибетцы и тюрки взяли Бешбалык, последний оплот уйгуров. Новая уйгурская армия в 50-60 тыс. воинов попыталась было изменить положение, но потерпела неудачу Поражение в Джунгарии и на Тариме не прошли бесследно для каганской ставки — начались распри, наследник Алп Кутлуга был свергнут и убит своим младшим братом, который не сумел удержаться у власти и сам погиб в ходе мятежа. Тяжелая война с карлуками и тибетцами продолжалась; ход её почти не освещается источниками.

В смутное время к власти в Ордубалыке пришла новая династия из племени эдиз, “принявшая прозвание Яглакар”, и, тем самым отождествившая себя с легитимным каганским родом (795 г.). В столице была восстановлена “религия света”, и туда прибыл манихейский пресвитер. После пятнадцатилетнего перерыва были возобновлены союзные и договорные отношения с манихейскими общинами Притяньшанья, а Шелковый путь по “уйгурской дороге”, через Ордубалык, вновь открыт для караванов.

Карлуки лишились мощной опоры в Северном Притяньшанье, где города и кочевые племена, вероятно ягма, признали протекторат кагана Отюкенской черни. В 803 г. уйгурское войско заняло Кочо (Турфан) и, нанеся поражение карлукам, через Фергану вышло на Сыр-Дарью. Это был последний успех уйгуров на западной границе.

В первом десятилетии IX в. главным врагом уйгурского каганата стали енисейские кыргызы. Войны между ними, с переменным успехом, шли более двадцати лет. В 840 г. кыргызы, объединив усилия с мятежным уйгурским полководцем, взяли Ордубалык. Уйгурский каган пал в сражении.

Теряя по пути отставших и отчаявшихся, остатки токуз-огузов во главе с одним из яглакарских принцев, оставив родину кыргызам, пришли на свои прежние пограничные земли. Единство племен вскоре было утрачено. Беглецы укрепились в Куче и Бешбалыке. Вождь бешбалыкских уйгуров, Буку Чин, разгромив тибетцев, стал господином положения во всем Таримском бассейне. Так было положено начало уйгурскому государству Кочо с центрами в Турфане и Бешбалыке.

Несмотря на неудачи в войнах начала IX в. положение Карлукского государства, опиравшегося на богатые семиреченские города, оставалось прочным. Обогащению ябгу способствовала выгодная торговля тюркскими рабами для гвардии аббасидских халифов на сыр-дарьинских невольничьих рынках и контроль за транзитом в Китай на участке от Тараза до Иссык-Куля. Укрепились позиции карлуков в и Фергане, несмотря на несколько попыток арабов вытеснить их оттуда. Самым опасным для ябгу оказался поход знаменитого сподвижника халифа ал-Мамуна (813-833), Фадла ибн Сахла, известного под титулом Зу-р-рийасатайн (“Обладатель двух знамен”). Арабы предприняли поход между 812-817 гг. в район Отрара. Там был убит начальник карлукской пограничной охраны, а затем будто бы была захвачена в плен семья ябгу, а сам ябгу бежал к кимакам. Успех нападавших явно преувеличен в донесении Фадла, однако поражение пограничного отряда карлуков действительно могло создать для ябгу напряженную ситуацию на западной границе.

Прошло четверть века, и крах последних каганов Отюкена, прежде доминировавших на протяжении трех веков, создал во всей тюркской Центральной Азии совершенно новую геополитическую ситуацию, — впервые за триста лет окончательно исчез мощный центр власти, определявший возможности экспансии или даже существования любого государства в Туркестане. Отныне тюркские племена признавали лишь высокий статус рода, унаследовавшего каганский титул, но уже никогда его единую власть.

По свидетельству нескольких мусульманских историков, после утраты уйгурами их могущества, верховный авторитет среди тюркских племен переходит к вождям карлуков. Происхождение из рода Ашина, правящего рода Тюркского каганата, позволило карлукской династии облечь эту власть в легитимное одеяние и, отбросив старый титул ябгу, принять новый каган. “Ябгу, — пишет автор “Худуд ал-алем в Х в., — это прежний титул царей карлуков”.

Вряд ли можно говорить о реальной власти карлуков над тюркскими племенами в IX в. — старая традиция имела скорее морально-идеологическое значение. И все же ясна основная тенденция этих сообщений, лучше других отраженная у ал-Масуди: из среды карлуков происходит “каган каганов”, он имеет власть над всеми тюркскими племенами, а его предками были Афрасиаб и Шана (т.е. Ашина!).

Так было положено начало новой тюркской империи в Средней Азии и Кашгарии, названной в русской науке государством Караханидов. Политические амбиции караханидского дома предельно ясно отражены в сообщении ал-Масуди.

Караханидское государство не оставило собственной историографической традиции, и все сведения о нем содержатся в трудах арабских и персидских авторов, писавших за пределами каганата. Труд единственного караханидского историка, имя которого сохранилось, — имам Абу-л-Футу-ха ал-Гафира ал-Алмаи, — “Тарихи Кашгар” известен лишь в небольших отрывках у Джамаля Карши (XIII в.). Отсутствие своей историографии было отмечено уже поздними современниками Караханидов, один из которых, блестящий персидский литератор Низами Арузи, писал в 1156 г.: “Имена царей из дома хакана [т.е. Караханидов] сохранились только благодаря поэтам” [Бертельс, 1960,с.458].

Известно семь гипотез о происхождении Караханидов. В.В. Бартольд ограничил круг поисков тремя племенами (карлуки, ягма, чигили). Теперь ясно, что чигили и ягма, а также одно из тюргешских племен, тухси, и остатки орхонских тюрков, вошли в карлукский племенной союз и история этих племен, во всяком случае с IX в., неразрывна.

Собственно караханидское предание (кашгарская традиция у Джамаля Карши) называет первым государем караханидской династии Бильге Кюль Кадыр-кагана, с которым вел войну один из саманидских эмиров, владетелей Самарканда и Бухары. Удалось установить, что этим эмиром был Нух ибн Асад, в 840 г. совершивший поход против семиреченских тюрков и завоевавший Исфиджаб. Именно в этом году, по сообщению Гардизи, ябгу карлуков принял титул каган. Круг источников замкнулся — единственным каганом в 840 г. был родоначальник караханидской династии и прежний ябгу карлуков Бильге Кюль Кадыр-каган.

Власть в Караханидском государстве была поделена между знатью двух племенных группировок, составивших в IX в. ядро карлукского племенного союза — чигилей и ягма. Внешне это выражалось в разделении каганата на две части — восточную и западную со своими каганами во главе. Верховным считался восточный каган, имевший ставку в Кашгаре и Баласагуне (городище Бурана, близ г. Токмак в Кыргызстане) Он был из чигилей и носил титул Арслан Кара-хакан. Западный, младший каган, из ягма, носил титул Богра Кара-каган и имел ставку в Таразе, а позднее — в Самарканде. Существовала сложная иерархия правителей, своя в обоих каганатах: Арслан-илек и Богра-илек, Арслан-тегин и Богра-тегин и другие. Впервые дуальная система власти была реализована при сыновьях первого кагана, Базыр Арслан-хане и Огулчак Кадыр-хане, но окончательный распад державы относится к середине XI в. При Огулчаке, успешным походом саманидского эмира Исмаила ибн Ахмада на Тараз в 893 г. начались длительные и жестокие войны между Караханидами и Саманидами за власть над всей Средней Азией. Войны длились более века и завершились полным крахом Саманидов и распространением власти их противников до Аму-Дарьи. На территории Средней Азии возникло множество караханидских владений, зависимость которых от каганов в Баласагуне была минимальной, а отношения друг с другом — далеки от дружественных.