В 1961 году монастырь был повторно закрыт.

В июне 1988 года в связи с празднованием 1000-летия крещения Руси и постановлением Совета Министров УССР новосозданной Печерской монашеской общине была передана территория Дальних пещер.

Первым наместником воссозданной обители стал архимандрит Ионафан (Елецких) (с 22 ноября 2006 года — Архиепископ Тульчинский и Брацлавский).

С 1992 года настоятель (священноархимандрит) Лавры — митрополит Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан), резиденция которого находится на территории монастыря.

C 1994 года наместник Лавры — архиепископ Вышгородский Павел (Лебедь).

Первоначально кафедральным собором был вместительный трапезный храм преподобных Антония и Феодосия Печерских.

В Лавре разместились также Киевские Духовные семинария и академия, издательский отдел Церкви.

9 декабря 1995 Президентом Украины Л. Кучмой издан Указ о восстановлении Успенского собора. К 950-летию Лавры собор был восстановлен; освящён 24 августа 2000 года.

В 1990 году Лавра была внесена в список Всемирного наследия ЮНЕСКО.