С началом войны стала очевидной необходимость широкого развертывания диверсионных действий партизанскими отрядами на коммуникациях противника и подготовки соответствующих специалистов. В июле 1941 года был создан Оперативно-учебный центр Западного фронта по подготовке партизан к проведению диверсий. Вскоре аналогичные центры и школы по подготовке партизан-диверсантов были созданы в других фронтах. Отсутствие в партизанских отрядах минеров-подрывников тормозило развитие и широкое применение таких эффективных способов диверсий как крушение поездов, устройство засад с применением мин и управляемых фугасов, уничтожение объектов с помощью мин и фугасов, управляемых по радио, диверсий с применением мин-сюрпризов и других специальных акций с применением минно-взрывных средств.

Применение диверсий как способа действий в широких масштабах, кроме того, не представлялось возможным в результате отсутствия в достаточном количестве мин и зарядов, специально приспособленных для применения на коммуникациях противника. Табельные мины находившиеся на вооружении Красной Армии, оказались трудно применимыми в тылу противника. Они были громоздкими, тяжелыми и требовали значительного времени на установку и маскировку.

Одновременному проведению согласованных по цели, месту и времени специальных акций в форме удара препятствовало также отсутствие связи партизанских отрядов с Центром из-за недостатка средств связи и радистов. "К июню 1942 года в тылу врага действовало 387 учтенных партизанских отрядов и групп, из них только 37, т.е. 10% имели радиостанции для связи с Командованием". Недостаточное количество минеров-подрывников, радистов и специального вооружения не позволило на начальном этапе войны использовать в тылу противника такую форму специальных действий как удар по железнодорожным коммуникациям. Только по мере поступления в партизанские отряды специальных минно-взрывных средств и подготовленных специалистов стали увеличиваться масштабы диверсионных действий. Так, согласно данным главной железнодорожной дирекции группы армий "Центр" количество партизанских налетов на объекты железнодорожного транспорта в первой половине 1942 года составляло: январь - 5, февраль - 6, март - 27, апрель - 65, май - 145; количество подорвавшихся на минах паровозов составляло: в феврале - 5 (в ремонте 2), в марте - 5 (2), в апреле 13 (6), в мае 25 (13); количество сильно поврежденных и полностью выведенных из строя вагонов: январь - 0, февраль - 0, март - 57, апрель - 45, май - 166. Таким образом, наличие или отсутствие специально подготовленного и оснащенного личного состава, а также специального вооружения было одним из решающих факторов, влияющих на масштабы диверсионной работы и формы специальных действий в тылу противника.

В августе 1941 года первым секретарем ЦК КП(б) Белоруссии П.К. Пономаренко была разработана и отправлена И.В. Сталину записка "К вопросу о постановке диверсионной работы" в тылу врага. Однако только в декабре ее автор был вызван в Москву, где ему предложили ознакомиться с предложениями по организации партизанского движения, разработанные недавно созданным Управлением по формированию партизанских частей, отрядов и групп Главного управления формирований (Главупраформ) НКО. О непонимании данным управлением сущности, целей и задач партизанских действий говорит следующий факт. Главупраформом НКО предлагалось создать на неоккупированной территории Дона, Кубани и Терека 6-7 кавалерийских дивизий численностью 5483 человека каждая, сведенных в "1-ю конную армию народных мстителей" общей численностью в 33 000 человек, а также пять партизанских дивизий из приволжских, уральских и сибирских партизан, объединенных в "1-ю стрелковую партизанскую армию народных мстителей" общей численностью свыше 26 000 человек. В записке подчеркивалось, что оперативное использование партизанских армий целесообразно проводить крупной массой, т.к. "в массе бойцы действуют смелее, решительнее и самостоятельнее". Эти партизанские армады предлагалось выводить в тыл противника через линию фронта для последующих действий в немецком тылу. Абсурдность подобных предложений, их явное несоответствие реальным условиям войны не была тогда очевидной и серьезно рассматривалась в ЦК ВКП(б), поэтому аргументированное их опровержение требовало проведения большого объема работы и времени. В конечном итоге они были отклонены, и П.К. Пономаренко было предложено приступить к организации Центрального штаба партизанского движения.

Однако уже в конце января 1942 год по решению ГКО работа по созданию партизанских отрядов была остановлена. Как выяснилось впоследствии, тогдашнее руководство НКВД подало И.В. Сталину записку, где считало нецелесообразным наличие такого органа управления и выражало сомнение относительно эффективности и возможности широкомасштабных партизанских диверсий. Диверсионные действия по нарушению работы тыла противника, подчеркивалось в записке, могут проводить лишь полностью надежные и квалифицированные диверсанты, прошедшие подготовку в НКВД.

В августе 1942 года были созданы одна инженерная бригада специального назначения РВГК и по одному инженерному батальону специального назначения в каждом фронте. Неспособность инженерных войск организовать переброску подрывников в глубокий тыл противника воздушным путем, чрезвычайная сложность вывода групп через линию фронта пешим порядком ограничили боевое применение диверсионных подрывных команд гвардейских минерных частей и соединений в основном ближайшим тылом противника.

Вместе с тем оперативная обстановка и очевидная целесообразность решения на применение мелких подразделений ВДВ в тылу противника подталкивали командование фронтов отходить от принятого шаблона и, несмотря на отсутствие в руководящих документах ВДВ специальных боевых задач, все-таки ставить диверсионные задачи десантникам на действия в тылу противника вне тактического или оперативного взаимодействия с войсками, действующими на фронте. Так, уже в июле - августе 1941 года командование Юго-Западного фронта использовало в районе Киева несколько небольших десантов из состава 212 и 104 воздушно-десантных бригад. На десантников возлагались задачи по подрыву мостов на железных и шоссейных дорогах, уничтожению складов с боеприпасами, нарушению управления войсками и работы тыла противника, ведению разведки. Состав групп колебался от 3-5 до 40-50 человек. Группы скрытно проникали в район объекта, внезапно нападали на него и быстро отходили. Выполнив поставленную задачу, десантники либо выходили в расположение своих войск, либо переходили на положение партизан.

Действия в тылу противника 4-го воздушно-десантного корпуса в январе 1942 года с задачей содействия войскам Западного фронта в окружении 9-й и 4-й танковой армий противника восточнее Вязьмы в конечном итоге завершились переходом к действиям небольшими подразделениями. Вынужденные диверсионные действия в течение пяти месяцев десантников и конников 1-го кавкорпуса генерала Белова по дезорганизации тыла противника заставили немцев отвлечь значительные силы и провести в мае против них специальную операцию "Ганновер-I". А высадка 24 сентября 1942 года воздушного десанта в районе юго-западнее Сычевки численностью около 400 человек вначале была воспринята немецким командованием как начало крупной диверсионной операции на железнодорожных коммуникациях группы армий "Центр" и в течение нескольких дней серьезно повлияла на характер перевозок противника. Десантники-партизаны успешно выполняли задачи по оказанию содействия войскам, попавшим в окружение. А в октябре диверсионная группа в составе 20 добровольцев-десантников провела специальную акцию на аэродроме у Майкопа, где налетом уничтожила 22 самолета противника и по сигналу командира отошла на пункт сбора.