Рассматривая источники Судебника исследователи также расходятся во мнениях. Владимирский-Буданов считает, что почти единственным источником являются уставные грамоты местного значения: "Московский рецептор либо сокращает узаконение…, либо заполняет текст…"[5]. Мейчик Д.М. – считая невероятным, чтобы Москва заимствовала что-либо из вольных городов, рассматривает Псковскую судную грамоту только как литературное пособие, справочный материал. Общность норм объясняет единством обычая.[26] Однако большинство историков-исследователей едины во мнении, что составителями судебника были использованы не только такие источники русского права как Русская Правда, Псковская судебная грамота, уставные грамоты, но и разного рода льготные, пожалованные, охранительные, судные грамоты, а также указы и инструкции в области суда и управления, издававшиеся как московским, так и иными княжествами.

Таков, например, "Указ наместникам о суде градском" (ст. 37-45, 65, 67) изданный в 1483-84 гг. в связи с массовой конфискацией земли крупных феодалов и предусматривавший привлечение к участию в суде представителей верхов мятежного населения, регламентацию судебных пошлин, установление твердых сроков, которых должны придерживаться кормленщики, вызываемые через приставов к ответу. В Судебник также вошли "Указ о езду" (ст.30) содержащий таксу пошлины за поездку приставов в различные города московского государства и "указ о недельщиках" (ст.31-36). Источником при составлении Судебника служили грамоты отдельных княжеств, устанавливающие срок "отказа" крестьян, сроки исковой давности по земельным спорам и др. Так, первой грамотой, определяющей срок "отказа" крестьян в Юрьев день, была очевидно грамота Белозерского княжества, относящаяся к середине XV в.; об исковой зависимости в 3 года и шесть лет по земельным спорам говорят правые грамоты звенигородского уезда, а также Правосудие Митрополичье. Черепнин вслед за Юшковым и другими учеными установил, что источниками судебника были также сборник-руководство для решения поземельных дел (ст.46-63, 66) часть статей которого восходила к Псковской судной грамоте; прототип губной грамоты начала 30-х гг. XV в. (ст.10-14)[9].

Проведя сопоставление всего предшествующего законодательства с текстом Судебника Юшков пришел к выводу, что только в 27 статьях можно найти следы непосредственного влияния каких-либо известных юридических памятников или норм обычного права (12 статей из уставных грамот, 11 из Псковской судной грамоты, 2 статьи из Русской Правда и 2 из норм обычного права). При заимствовании из старых источников нормы права перерабатывались относительно изменений в социально-экономическом строе. Усиливая в связи с обострением классовой борьбы репрессии по отношению к неугодным. Судебник вводит смертную казнь для "лихих" людей, тогда как Белозерская уставная грамота, послужившая источником соответствующих статей, предоставляет разрешение вопроса о наказании таких людей на усмотрение суда. Судебник изменяет и порядок обращения к суду, обязанности судей, устанавливает новое понятие института послушества и т.д. Около 3/5 состава судебника не состоят в какой-либо связи с дошедшими до нас памятниками. Они либо извлечены из несохранившихся законодательных актов Ивана III, либо принадлежали составителю Судебника и представляют, таким образом, новые нормы, неизвестные прежней судебной практике. Новизной Судебника, по мнению Юшкова, объясняется то обстоятельство, что далеко не все его статьи осуществлялись на практике. Части их оставались программой, для реализации которой требовалось время. Именно поэтому Судебник 1497 г. положен в основу Судебника 1550 г, а отдельные его положения и принципы получили дальнейшее развитие и в последующем законодательстве.[26]

Сосредоточение в течение XV в. в руках Московских великих князей всей полноты государственной власти выдвинуло на первый план вопрос о централизации ее важнейшей сферы – судебной. Тем более что в те времена последняя бала тесно связана как с повседневным управлением, так и с нормотворчеством. Поэтому содержание Судебника почти исключительно процессуальное. Основная задача законодателя – определить основные начала отправления правосудия и поставить их под контроль центральной власти.

Судебнику известны три типа суда: суд великого князя и его детей (ст.21), суд бояр и окольничих (ст.1 и др.), суд наместников и волостелей (ст.20 и др.). Решение первого носили окончательный характер как суда высшей инстанции. Сложнее дело обстояло с судами боярскими и наместничьими. Согласно статье 1 – на суде бояр и окольничьих непременное участие принимают дьяки – секретари. Впервые узаконено, что суд не только право, но и обязанность боярина. Только в особых случаях он мог отказать "жалобнику" в суде – когда решение мог вынести только великий князь или когда к боярину обращались лица, подведомственные другому администратору. Это только намечается принцип суда по приказам. Пафос ст.1 состоит в запрещении взяток ("посулов") за судопроизводство и "печалование" и провозглашение нелицеприятного суда ("судом неместити не дружити никому"). Институт "печалования" (ходатайства перед великим князем о каком-либо лице) постепенно терял значение и в 1550 г. не упоминается.

В Судебнике проводится последовательная регламентация пошлин за все виды судебной деятельности великокняжеских администраторов от боярина до недельщика: 10 процентов наместнику и тиунам,[9] 6% боярину, 4% дьяку.[1]

Впервые введен принцип опроса представителей местного населения в случае, когда против подозреваемого не было бесспорных улик. Впредь свидетели (послухи) должны были быть очевидцами событий, а не давать показания, основываясь на слухах. Показание под присягой 5-6 детей боярских или "добрых христиан" решало судьбу обвиняемого (голоса феодалов и крестьян пока еще равноценны). Норма обязательного участия местного населения (дворянского, старосты, зажиточных (лучших) людей) и целовальников в наместничьем суде теперь распространены на всю Россию. Ограничение произвола наместников предполагало контроль не только сверху, но и снизу, со стороны населения.

Согласно ст.18, 20, 42, 43 – существовали судьи из числа кормленщиков без права суда. [9]

Ответом на обострение классовой борьбы было введение суровой системы наказаний, отразившееся в ряде статей. В ст. 8,9, 39 – обозначена определенная категория правонарушителей "ведомый лихой человек". Появление понятия свидетельствует не только об усложнении самого процесса установления преступления, но и о том, что число преступлений в стране возросло, и государство встало на путь решительной борьбы с правонарушителями.

Статья 9 предусматривает смертную казнь для государева убийцы, заговорщика, мятежника, церковного и головного татя, "подымщика", "зажигальщика" и вообще всякого лихого человека.

Нововведения коснулись и института холопства. Ограничение числа инстанций, которые выдавали грамоты на владение холопами ("полные") – такое право сохранилось только за наместниками с боярским судом. Впервые введена статья о бежавших из плена холопах: "такой холоп свободен, а старому государю не холоп". Как бы подчеркивая, что из плена может бежать только смелый и сильный духом человек, а такой не может быть рабом. Кроме того, в городском хозяйстве господина отныне работали свободные люди, а дети холопов свободны. Утверждение, что ст. 57 способствовала закрепощению крестьян, сомнительно. Она только устанавливает единый для всей Русской земли срок "отказа". Это только подтверждение достигнутого политического единства страны. Размер "пожилого" по Судебнику зависел от природных условий и сроке требования крестьянина вотчине. По подсчетам Шапиро эта сумма была большой, рубль или полтина. Но за несколько лет ее можно было скопить.[1]