Управление осуществляет следующие полномочия в установленной сфере деятельности[14]:

- представляет интересы Росжелдор в органах государственной власти субъектов РФ, органах местного самоуправления в части, касающейся выполнения возложенных на Агентство функций по реализации государственной политики в регионе деятельности Южного территориального управления, а также участвует в соответствующих комиссиях, связанных с работой на транспорте при полномочных представителях Президента Российской Федерации в федеральных округах;

- проводит в установленном порядке конкурсы и заключает государственные контракты на размещение заказов на поставку товаров, выполнение работ и оказание услуг, заключает гражданско-правовые договоры для нужд Южного территориального управления, а также на проведение научно-исследовательских работ для государственных нужд в установленной сфере деятельности;

- в пределах и порядке, определяемых федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, Министерства транспорта Российской Федерации и Росжелдор, представляет Агентство при осуществлении им полномочий собственника федерального имущества, закрепленного за подведомственными федеральными государственными унитарными предприятиями и федеральными государственными учреждениями (в том числе непосредственно осуществляет контроль над использованием по назначению и сохранностью принадлежащего названным предприятиям и учреждениям имущества);

- по согласованию с Росжелдор осуществляет полномочия собственника имущества, закрепленного за подведомственными Агентству федеральными государственными унитарными предприятиями и федеральными государственными учреждениями, находящимися в регионе деятельности Южного территориального управления.

Управление осуществляет в регионе своей деятельности:

- функции компетентного органа Российской Федерации по перевозкам опасных грузов железнодорожным транспортом;

- составление и направление в Росжелдор перечней железнодорожных станций, открытых для выполнения соответствующих операций, и выполняемых ими операций на основании заявок владельцев инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования, расположенной в регионе деятельности Южного территориального управления;

- подготовку заключений о возможности открытия, закрытия железнодорожных станций для выполнения всех или некоторых операций на основании обследования инфраструктуры железнодорожного транспорта в целях принятия Агентством решения об открытии, закрытии станций;

- подготовку заключений о возможности открытия железнодорожных путей общего пользования для постоянной эксплуатации в целях принятия Агентством решения об открытии для постоянной эксплуатации железнодорожных путей общего пользования;

- участие в работе комиссий по приемке в эксплуатацию железнодорожных путей общего и необщего пользования;

- подготовку заключений о соответствии новых железнодорожных путей в месте примыкания к существующим железнодорожным путям общего пользования требованиям нормативных правовых актов, стандартов, технических норм, строительных норм и правил, предъявляемым к строительству и модернизации железнодорожных путей общего или необщего пользования, а также порядку определения мест примыкания в целях принятия Агентством решения о выдаче разрешения на примыкание или о мотивированном отказе в выдаче такого разрешения;

- внесение в Росжелдор предложений и участие в работе, связанной с определением морских и речных портов, автомобильных станций и аэропортов, участвующих в смешанном сообщении;

- внесение в Росжелдор предложений и участие в работе по принятию решений о временном прекращении погрузки и перевозки грузов и грузобагажа в определенных железнодорожных направлениях вследствие сложившихся у перевозчика обстоятельств, препятствующих осуществлению перевозок при использовании инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования;

- внесение в Росжелдор предложений по установлению сроков действия прекращения или ограничения погрузки и перевозки грузов и грузобагажа, вызванных обстоятельствами непреодолимой силы, военными действиями, блокадой, эпидемией или иными независящими от перевозчика и владельцев инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования обстоятельствами, препятствующими осуществлению перевозок;

- внесение в Росжелдор предложений по вопросам развития и модернизации железнодорожного транспорта в регионе деятельности Южного территориального управления;

- внесение в Росжелдор предложений по вопросам изъятия для нужд Российской Федерации земельных участков в целях развития сети железных дорог в порядке, установленном законодательством Российской Федерации;

- доведение до сведения организаций железнодорожного транспорта и пользователей услугами железнодорожного транспорта, осуществляющих свою деятельность в регионе деятельности Южного территориального управления, информации о решениях, принятых Агентством в установленной сфере деятельности;

- рассмотрение обращений владельцев инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования и владельцев железнодорожных путей необщего пользования, расположенных в регионе деятельности Южного территориального управления, по вопросам взаимодействия в единых технологических процессах работы железнодорожных путей общего и необщего пользования и железнодорожных станций примыкания и выдачу заключений по ним;

- участие в осуществлении пономерного учета железнодорожного подвижного состава и контейнеров.

В пределах своей компетенции управление организует в регионе своей деятельности работу:

- по осуществлению воинских и специальных железнодорожных перевозок во взаимодействии с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти;

- по взаимодействию в области железнодорожного транспорта с территориальными органами Федеральной службы по надзору в сфере транспорта, а также с территориальными органами иных федеральных органов исполнительной власти;

- по подготовке предложений по техническому перевооружению, реконструкции и строительству объектов производственного назначения и социальной сферы организаций железнодорожного транспорта для включения в государственные инвестиционные программы с использованием различных источников финансирования;

- по подготовке предложений и контролю за рациональным использованием предприятиями и учреждениями, подведомственными Агентству, средств федерального бюджета, государственных капитальных вложений и материально-технических ресурсов, выделяемых им в централизованном порядке, проведение в этих целях документальных проверок и ревизий в соответствии с законодательством Российской Федерации;

- по внесению по согласованию с Росжелдор в соответствующие органы государственной власти субъектов Российской Федерации предложений по вопросам функционирования железнодорожного транспорта, участию в установленном порядке в рассмотрении вопросов, затрагивающих интересы железнодорожного транспорта;