Владелец северной части Черемушек А.О. Прончищев, прославившийся взяточничеством и другими злоупотреблениями во время воеводства в далеком городе Ваге, мало занимался ее обустройством, так как имел усадьбу по соседству в находящемся восточнее Черемушек селе Никольском (Котлы). В отличие от него В.М. Махов очень скоро основал на своей территории деревянный "двор вотчинников", на месте которого находятся ныне существующие усадебные постройки. Рядом с ним (видимо, по другую сторону запруженного оврага) были расселены крестьяне. Так возникла деревня Черемушки.

С 1632 г. В.М. Махов вместе с князем Г.К. Волконским стал ежегодно назначаться "на посольскую крымскую размену", то есть выполнял ответственные дипломатические поручения, связанные с Крымским ханством. Возможно, в связи с этим он в 1633 г. вынужден был покинуть Поместный приказ и продать свои подмосковные владения другому видному чиновнику - думному дьяку Федору Федоровичу Лихачеву (ум. 1663). В составленной по этому случаю "отказной книге", утвердившей сделку, было сделано их описание: "деревня Черемошье, по обе стороны Черемошского врага, под деревнею пруд, да пруд вообще с Афанасьем Прончищевым, в деревне двор вотчинников".

Новый владелец Черемушек при царе Михаиле Федоровиче дважды был руководителем внешнеполитического ведомства - Посольского приказа. Одно время он попал в опалу, был сослан, но затем возвращен из ссылки и занял прежний пост. В октябре 1641 г. царь пожаловал Ф.Ф. Лихачеву и звание "государева печатника", которое не следует путать со словом "первопечатник" - мифическим титулом, которым обычно любят именовать первого отечественного типографа И. Федорова. В средние века в России "печатник" был хранителем государственной печати, и, значит, без его непосредственного участия не мог быть создан ни один царский указ, которые он лично этой печатью заверял. Таким образом, влияние Ф.Ф. Лихачева на государственные дела еще более возросло. Последним царским пожалованием было звание думного дворянина. Но в 1643 г. Ф.Ф. Лихачев вышел в отставку, а со сменой царствования окончательно утратил былое влияние, хотя его подпись еще находится под знаменитым Уложением - сводом законов царя Алексея Михайловича. В 1650 г. Ф.Ф. Лихачев удалился на покой в Псково-Печерский монастырь, где вскоре постригся в монахи под именем Филарета. В 1663 г. "в Чермневе стану полдеревни Черемошье по обе стороны Черемошского врага" (то есть Черемушки) перешло к его внуку князю Петру Ивановичу Прозоровскому (1654-1720), тогда еще несовершеннолетнему.

В 1670 г. погиб глава семьи князь И.С. Прозоровский, бывший тогда астраханским воеводой. Тяжело раненый при взятии Астрахани Степаном Разиным, он был сброшен с башни, а его сын Борис (Старший), повешен за ноги на крепостной стене. Однако царь Алексей Михайлович не забыл своего воеводу, приблизив ко двору его детей. И владелец Черемушек П.И. Прозоровский и его брат Борис (Меньшой) со временем стали одними из ближайших доверенных лиц царя, получив боярство. Влияние П.И. Прозоровского настолько возросло, что согласно завещанию Алексея Михайловича он был определен в воспитатели малолетних царей Петра и Иоанна, при которых также оставался одним из первых лиц государства. Во время поездки Петра I за границу П.И. Прозоровский был членом совета, оставленного управлять государством. А после возвращения царя он вместе с тогдашним владельцем Узкого Т.Н. Стрешневым оказался одним из немногих бояр, которым было разрешено носить бороду.

П.И. Прозоровский владел Черемушками более полувека. За это время число местных крестьян увеличилось. С 1678 г. документы начинают именовать Черемушки сельцом (сельцо - населенный пункт, имеющий помещичью усадьбу без церкви). Это позволяет предположить, что усадьба, то есть "двор вотчинников", была заново обстроена деревянными сооружениями. Здесь постоянно жил приказчик А.Б. Долгов, при помощи которого было составлено одно из описаний Черемушек: " .то сельцо написано за ним же боярином князь Петром Ивановичем, а будет де сказал ложно и за то учинит ему смертную казнь ."

Одновременно в Черемушках был сооружен скотный двор, в состав которого входили жилые помещения для обслуживавших хозяйство дворовых людей. Таким образом, еще тогда возникло существующее до сих разделение основной территории вотчины на усадьбу и экономию, объединяющую основные хозяйственные постройки. Рядом с усадьбой был разбит большой фруктовый сад, разведены огороды. Из Черемушек периодически доставляли припасы в московский дом Прозоровских.

Возможно, переход Черемушек к П.И. Прозоровскому косвенно способствовал и земельному пожалованию, полученному его младшим братом ближним боярином князем Борисом (Меньшим) Ивановичем Прозоровским (ок. 1654 - не позднее 1720), в свое время также пострадавшим при взятии Астрахани. Его повесили за ноги вместе со старшим братом, но потом сняли с виселицы, и он на всю жизнь остался калекой. В 1687 г. Б.И. Прозоровский получил в подарок от царя за службу находившееся южнее Черемушек, за Шаболовым, имение Зюзино-Борисоглебское. Таким образом, в руках братьев Прозоровских оказался сосредоточен значительный участок современного Юго-Запада Москвы.

Чувствуя себя неспособным справляться с большим хозяйством, постаревший П.И. Прозоровский в 1719 г. подарил Черемушки своей дочери, княгине Анастасии (Настасье) Петровне Голицыной (1665-1729). Прося царя утвердить это решение, которое могли бы попытаться оспорить другие претенденты на наследство, П.И. Прозоровский особо отмечал, что "родственникам де ево до недвижимых имений ни до чего дела нет - потому он по должности своей сколько мог их награждал из движимых своих имений".

Новая владелица Черемушек А.П. Голицына была одной из самых колоритных фигур петровской эпохи. С детства княгиня была знакома со всей царской семьей, так как ее отец занимал исключительное положение при дворе, а сестра была замужем за братом царицы Прасковьи Федоровны Василием Федоровичем Салтыковым. Муж самой Анастасии Петровны князь Иван Алексеевич Голицын (1658-1729) был более известен по своему старшему брату Борису Алексеевичу Голицыну - воспитателю Петра I. И.А. Голицын был человеком добрым, тихим и богомольным. Ему принадлежало подмосковное село Гиреево (ныне в черте столицы), в котором была сооружена церковь, сходная по типу с зюзинской, видимо, возведенная той же артелью мастеров. Ее сооружение позволяет предположить, что до получения Черемушек Голицыны жили в Гирее-ве, где также находилась довольно большая усадьба с господским домом и хозяйственными постройками.

Со временем А.П. Голицына стала близкой подругой Марты Скавронской - будущей жены Петра I императрицы Екатерины Алексеевны (Екатерины I). Княгиня находилась при ней во всех поездках и путешествиях. Знаком особого доверия, оказанного А.П. Голицыной, стало ее присутствие в числе немногих гостей на свадьбе Екатерины Алексеевны и Петра I, отношения с которым у нее были довольно своеобразные Царь ее любил, звал "дочкой", дал титул светлейшей княгини и придворное звание статс-дамы (первой в России); А.П. Голицына была одной из немногих женщин, причисленных к составу учрежденного Петром шутовского "сумасброднейшего, всешутейшего и всепья-неишего собора", и даже называлась "князь-игуменьей" (сам царь при этом считался всего-навсего "дьяконом"). В ходе различного рода мероприятий, проводимых этим достаточно своеобразным "собором", пародирующим традиционные богослужения и обряды, А.П. Голицыной приходилось наравне с мужчинами участвовать в различных ритуалах "всешутейшего собора", в том числе бурных застольях и попойках.