В марте-апреле 2001 произошла смена лидера фракции – прежний руководитель фракции Б.Грызлов был назначен министром внутренних дел РФ, вместо него лидером фракции избран В.Пехтин. Неоднородность списка «Единства», составленного из представителей образовавших блок общественных организаций самого разного толка «и второго эшелона» региональной номенклатуры, привела к разнородности состава фракции и выходу из нее вскоре ряда депутатов. Так был исключен из фракции депутат Абдул-Вахед Ниязов (глава Исламского культурного центра России и движения «Рефах»). Вышли из фракции депутаты, представляющие «Поколение свободы» – В.Семенов, А.Вульф, А.Баранников, В.Коптев-Дворников. Был исключен из фракции один из бывших лидеров НДР В.Рыжков

Почти одновременно с выборами Государственной Думы 19 декабря 1999 начался процесс преобразования блока «Медведь» в политическую партию «Единство», лидером которой стал С.Шойгу. Однако срок политической жизни новой партии оказался недолгим и уже в 2001 начался процесс создания объединенной партии на основе «Единства», «Отечества» и «Всей России», которая получила название «Единая Россия». Несмотря на создание «Единой России» фракции и депутатские группы, образованные по итогам выборов 1999, сохраняются на весь период созыва Государственной Думы.