Практика применения прежнего Кодекса часто сталкивалась с проблемой подведомственности, когда в процессе появлялись третьи лица, статус которых формально не подпадал под юрисдикцию арбитражных судов. Поскольку рассмотрение дела в арбитражном суде есть осуществление правосудия судом, то новый АПК вполне обоснованно предусмотрел, что заявление, принятое арбитражным судом к своему производству с соблюдением правил подведомственности, должно быть рассмотрено им по существу, хотя бы в дальнейшем к участию в деле в качестве третьего лица, не заявляющего самостоятельных требований относительно предмета спора, будет привлечен гражданин, не имеющий статуса индивидуального предпринимателя.

Отнес новый АПК к подведомственности арбитражных судов и дела о защите деловой репутации в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности независимо от субъектного состава участников спора (например, ответчиком может быть журналист).

С учетом положений Налогового кодекса и некоторых других законов теперь закреплена подведомственность арбитражным судам дел об оспаривании нормативных правовых актов в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности, если федеральным законом это отнесено к компетенции арбитражного суда.

Для обеспечения единства подхода к субъекту, рассматривающему дела в сфере предпринимательской деятельности, законодатель распространил компетенцию арбитражных судов в полном объеме на дела об оспаривании решений третейских судов и о выдаче исполнительных листов на принудительное исполнение решений третейских судов по спорам, возникающим при осуществлении предпринимательской и иной экономической деятельности. По этим же соображениям наряду с подтверждением компетенции арбитражных судов по рассмотрению споров с участием иностранного элемента к их подведомственности отнесены и дела о признании и приведении в исполнение решений иностранных судов и иностранных арбитражных решений по спорам, возникающим при осуществлении предпринимательской и иной экономической деятельности.

По сравнению с прежним Кодексом произошли изменения в правилах о составе суда. Расширена сфера единоличного рассмотрения судьей дел в первой инстанции, теперь он единолично рассматривает дела о признании недействительными ненормативных актов государственных и иных органов (иной порядок сохранен по делам об оспаривании нормативных правовых актов). В случаях, установленных законом, допускается и единоличное рассмотрение судьей дел о несостоятельности (банкротстве). В целях более полной реализации права на законного судью, исключения случаев формирования состава суда по усмотрению председателя суда убрано положение о том, что по решению председателя суда любое дело может быть рассмотрено коллегиально.

По-новому определяет Кодекс роль в арбитражном процессе прокурора. Он вправе обращаться в арбитражный суд в ограниченном числе случаев, а именно: с оспариванием нормативных и ненормативных правовых актов, нарушающих права и законные интересы организаций и граждан в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности, и с исками, связанными с недействительностью сделок, совершенных органами государственной власти Российской Федерации, ее субъектов, органами местного самоуправления, государственными и муниципальными унитарными предприятиями, государственными учреждениями, а также юридическими лицами, в уставном капитале (фонде) которых есть доля участия Российской Федерации, ее субъектов, муниципальных организаций. Однако наряду с этим предусмотрена вторая, новая форма участия прокурора в деле: по указанным выше категориям дел прокурор вправе вступить в дело, рассматриваемое арбитражным судом, на любой стадии арбитражного процесса с процессуальными правами и обязанностями лица, участвующего в деле.

В числе участников арбитражного процесса Кодекс называет новые фигуры. Это помощник судьи и секретарь судебного заседания. Помощники судьи были введены в арбитражных судах ранее как работники аппарата судов, являющиеся государственными служащими, для организационной помощи судьям. Функции помощника судьи определялись внутренними актами в системе арбитражных судов.

Кодексом установлено, что названный работник оказывает помощь судье в подготовке и организации судебного процесса и не вправе выполнять функции по осуществлению правосудия. Помощник судьи может вести протокол судебного заседания и совершать иные прямо указанные в Кодексе процессуальные действия. При этом он не вправе совершать действия, влекущие возникновение, изменение или прекращение прав или обязанностей лиц, участвующих в деле, и других участников процесса.

Секретарь судебного заседания, как предусмотрено в Кодексе, должен выполнять традиционные для этой должности функции. В настоящее время секретарей судебного заседания в арбитражных судах нет. Их появление в процессуальном законе подчеркивает возрастающую значимость в арбитражном процессе некоторых традиционных институтов (в частности, протокола судебного заседания, который раньше фиксировал только движение процесса и велся судьей).

Ряд принципиальных новелл имеется в доказательственном праве. Установлено правило о раскрытии доказательств до начала судебного заседания и специально подчеркивается, что лица, участвующие в деле, вправе ссылаться только на те доказательства, с которыми другие лица были ознакомлены заблаговременно. Закреплено выработанное практикой и вытекающее из существа процессуальных отношений положение о том, что суд не принимает поступившие в суд ходатайства о поддержке лиц, участвующих в деле, или оценку их деятельности и отказывает в приобщении к материалам дела таких документов. Предусматривается новый для нашего права институт освобождения от доказывания обстоятельств, признанных сторонами. Признанные сторонами в результате достигнутого между ними соглашения фактические обстоятельства принимаются арбитражным судом в качестве фактов, не требующих дальнейшего доказывания. Соглашение сторон по фактическим обстоятельствам удостоверяется их заявлениями в письменной форме и заносится в протокол судебного заседания. На арбитражные суды первой и апелляционной инстанций возлагается обязанность содействовать достижению сторонами соглашения в оценке фактических обстоятельств с использованием для этого процессуальных полномочий и авторитета органа судебной власти. Вводит Кодекс и правило о том, что не может считаться доказанным факт, подтверждаемый только копией документа. Наряду с общим правилом, что экспертиза назначается по ходатайству лиц, участвующих в деле, или с их согласия, Кодекс допускает в ограниченных пределах назначение экспертизы по инициативе арбитражного суда (как отклик на дискуссию по этой теме с позиций сочетания роли суда и принципа состязательности сторон).

Значительные изменения претерпел институт обеспечения иска, играющий важную роль именно в предпринимательских, экономических спорах как способ защиты имущественных интересов. Теперь возможны не только обеспечение предъявленного иска, но и предварительные меры, направленные на обеспечение имущественных интересов заявителя до предъявления иска, которые хорошо известны законодательству других стран (при защите прав интеллектуальной собственности, угрозе потери морских судов и т.д.). На арбитражный суд возложена и функция применения обеспечительных мер по заявлению стороны третейского разбирательства об обеспечении иска, принятого к рассмотрению третейским судом. Расширен и перечень обеспечительных мер. Он не носит исчерпывающего характера, в случае необходимости арбитражным судом могут быть приняты иные обеспечительные меры.