В галогенных породах большинство пещер сосредоточено на Уршак-Бельском и Уфа-Симском междуречьях. Они здесь развиты в основном в светло-серых, либо белых, массивных или толстослоистых гипсах, реже ангидритах Геоморфологически пещеры тяготеют к долинам рек и суходолам, а их выходы располагаются, как правило, в подножьях склонов и в значительно меньшей степени – в нижних их частях. Это в основном горизонтальные и пологонаклонные пещеры коридорного, реже мешкообразного и очень редко - лабиринтового типа. Развиты они на уровне голоценовых и верхнеплейстоценовых речных террас и сформированы не ранее среднего плейстоцена. Пещеры приурочены к нижней части зоны вертикальной нисходящей циркуляции и зоне сезонного колебания карстовых вод. Часто в них имеются временные или постоянные ручьи, либо следы их недавней деятельности. Наиболее пониженные части пола гипсо-ангидритовых пещер нередко занимают озера, гидравлически связанные с речными водами ближайших долин-дрен. Очень редко гипсовые пещеры приурочены к водораздельным пространствам. На последних располагается всего 7% пещер от всех известных в галогенных породах. Входы их, в этом случае, находятся в карстовых воронках.

Наиболее крупными гипсовыми пещерами на территории Южного Предуралья сегодня являются: Вертолетная (около 1700 м - первопрохождение Д.В. Усенко, М. Ефремова и А. Кузьмина - 1997 г.), Ищеевская система (1002 м), Урняк и Шальная (по около 1000 м), Большая Курманаевская (850 м), Куэшта (800 м), Благовещенская (300 м), Ледяная (300 м), Карламанская (269 м).

В карбонатных породах пещеры в Южном Предуралье сравнительно редки, а самые значительные из них располагаются на Уфимском плато: Усть-Атавские 1-я, 2-я и 3-я (621, 49 и 32 м соответственно), Неожиданная (301 м), Сабакаевская 1-я (147 м). Наиболее крупные пещеры находятся на юго-востоке плато и развиты в толстослоистых или массивных органогенных известняках юрюзанской свиты сакмарского яруса. Подавляющая часть пещер здесь приурочена к склонам долин рек, ручьев и суходолов, в пределах зоны вертикальной нисходящей циркуляции карстовых вод. Входы их располагаются с различным превышением над днищами долин-дрен, но гипсометрически все они развиты выше среднеплейстоценовых речных террас. Свое развитие пещеры Уфимского плато начали не позднее нижнего плейстоцена. Небольшие по размерам пещеры – горизонтальные или пологогоризонтальные, в более крупных из них наблюдается четкая ступенчатость их днищ, обусловленная напластованием известняков. Для морфологии пещер, которые приурочены к склонам суходолов, характерно наличие крутонаклонных и вертикальных колодцев и уступов. Очень часто входы пещер Уфимского плато находятся в карстовых воронках.

На остальной части Южного Предуралья пещеры в карбонатных породах крайне редки, размеры их невелики (не более 50 м). Наиболее примечательными из них являются следующие: Алегазовская на Приайской равнине и Табынская в западных предгорьях Южного Урала.

В Южном Предуралье на Бугульмино-Белебеевской возвышенности известны также небольшие пещеры, заложенные в верхнепермских известковых туфах (Максимович и др., 1976) и, кроме того, колодцы в кошелевских песчаниках в западной части Приайской равнины (Смирнов, 1992).

2.2. Пещеры Южного Урала

На Южном Урале (горный Башкортостан и равнинное Зауралье), пещеры более многочисленны, чем в Предуралье. В его пределах сосредоточено более 90% всех пещер республики, причем подавляющее их большинство находится в горной ее части и заложено в известняках. Редко пещеры на Южном Урале встречаются в доломитах, еще реже в мергелях. Кроме того, имеются свидетельства о наличии двух малых пещер в кварцитовидных песчаниках (Зигальгинские гроты).

В горах РБ большинство пещер развито в нижнекаменноугольных (35%), верхне- (24%) и нижнедевонских (19%) известняках (см. табл. 2), причем наиболее крупные пещеры характерны для верхнедевонских известняков, что особенно ярко проявляется по объемным показателям.

Таблица 2. Распределение пещер горной части Башкирии по карстово-спелеологическим провинциям, областям и возрасту карстующихся пород