В 1872 году было создано акционерное общество Ростов-Владикавказской железной дороги во главе с Р.В.Штейнгелем, и началось её строительство. 2 июня 1875 года открывается движение по ней.

В 1882 году был разработан план дальнейшего развития рейсовой сети в стране. В числе 17 железных дорог, указанных в представлении Министерства путей сообщения в Комитете министров от 8 апреля 1882 года, была отмечена, как одна из более необходимых ветвей Ростово-Владикавказской железной дороги к Чёрному морю – Новороссийская. 14 февраля 1884 года Комитет министров признал первостепенное значение Новороссийской ветки, подчёркивая, что «после Сибирской линии она представляется необходимой из всех, намеченных правительством железнодорожных линий». Осенью 1884 года окончательно был решен вопрос о направлении ветки. Был принят проект линии Тихорецкая-Новороссийск, имевший ряд преимуществ по сравнению с другими проектами (соединение Владикавказской магистрали с Геленджиком или Анапой). Линия Тихорецкая-Новороссийск проходила через западную и северо-западную часть Кубанской области с развитым земледелием.

Строительство железнодорожной ветки Екатеринодар-Новороссийск протяженностью 254 версты осуществлялось под руководством инженера Кербеды Михаила Станиславовича. Под каждую версту рельсового пути укладывалось 1440 дубовых шпал. Перед конечной точкой пути – Новороссийском - на южной окраине станицы Верхнее-Баканской в отрогах Маркотхского хребта по линии железной дороги было сооружено два тоннеля, отчего железнодорожная станция при этой станице получила наименование Тоннельной. Строили их итальянские инженеры Мадлен и Физини.

По завершении строительства железной дороги Екатеринодар-Новороссийск 24 июня 1888 года состоялось её торжественное открытие. На нём присутствовали в качестве почётных гостей Главноначальствующий Гражданской частью на Кавказе князь Дондук-Корсуков, министр путей сообщения начальник Кубанской области генерал-лейтенант Г.А.Леонов и другие высоко поставленные лица. Депутаты от города Ильченко и Никульский поднесли министру хлеб-соль и выразили признательность населения за постройку дороги.

Присутствовавший на торжествах по случаю открытия железнодорожного сообщения в Екатеринодаре в сентябре 1888 года император Александр III с семейством проследовал по только что отстроенной железнодорожной веткой на Новороссийск. В Новороссийске 23 сентября 1888 года «выборные градских обществ» были удостоены приёма императором. На приёме выборные депутаты попросили царя включить в городскую черту земли нефтяного завода «Русский Стандарт» с соседствующими с ними владениями генерала Адамовича и территорию общества Черноморского цементного производства, чтобы их владельцы участвовали в платежах налогов, по справедливости облегчив отбывание городских повинностей жителями Новороссийска.

Начало эксплуатации железной дороги стимулировало развитие города. С завершением строительства Новороссийской ветки сократился путь для выхода зерновых грузов к Чёрному морю через Новороссийский порт и его экспорт вместо прежнего направления через Ростов в Азовское море. Сельское хозяйство Предкавказья всё более приобретает экспортный характер. Юг России становится основным поставщиком пшеницы на экспорт.

Сооружение в 1888 году Новороссийской ветки Владикавказской железной дороги повлекло за собой бурное развитие торгового порта. По соглашению с правительством Общество Владикавказской железной дороги взяло строительство порта в свои руки. Это было предусмотрено и уставом Общества, принятым в 1884 году. При этом было оговорено, что строительство порта будет завершено к сроку окончания постройки железной дороги, т.е. к 1884 году. Общество ещё в 1881 году поручило инженеру Лисовскому составить проект порта пропускной способностью в 44 млн. пудов (700 тыс. тонн) в год. Расположенный в северо-западной части Цемесской бухты, порт был чрезвычайно удобен для судоходства.

В 1887-88 годах были построены первые три причала для приёма железнодорожных грузов, у которых могли грузиться 12 больших пароходов дальнего плавания, Эти пристани, построенные как временные, действуют до настоящего времени (теперь это причалы №3,4,5). В 1890 году полная грузоподъёмность грузов составляла 30 млн. пудов. Пристанями пользовались и суда каботажного плавания, за что взималась плата 100 руб. в сутки. Так что эти сборы полностью покрыли затраты Общества на сооружение пристаней (около 1 млн. руб.). К 90-м годам общая сумма затрат на оборудование порта достигла 16 млн. руб. При строительстве и оборудовании его используются последние достижения науки и техники. К этому времени Общество уже имело четыре пристани, где могли одновременно грузиться 16 пароходов. Было построено 14 каменных и 54 деревянных амбара для 16 млн. пудов грузов, в том числе для 14 млн. пудов хлеба. Сооружен по американскому типу элеватор более чем на 3 млн. пудов зерна, не имеющих себе равных не только в России, но и в Европе. Зерно на элеватор и пристани подавалось транспортёрами. К строительству элеватора приступили в апреле 1891 года. Руководил им талантливый русский инженер Александр Николаевич Шенснович. Фундамент грандиозного по тем временам здания из кирпича, камня и металла был заложен в скалистом грунте. Зернохранилище из 364 силосов могло вместить три миллиона пудов зерна одновременно. Главная особенность элеватора – наличие электростанции трёхфазного тока. Впервые в мире Новороссийский элеватор был оснащён индивидуальным приводом на электромоторах, изготовленных в местных мастерских по проекту создателя техники трёхфазного тока М.О.Доливо-Добровольского.

Интенсивная работа по расширению причальной линии порта развернулась в 90-х годах. В чрезвычайно сжатые сроки строители оснастили порт новыми пристанями: элеваторной, угольной, цементной, каботажной. В 1895 году государственная комиссия приняла портовые сооружения от строителей. Из года в год рос грузооборот. В 1897 году построили новую пристань и обширные складские помещения. Для защиты судов, стоящих у причала, от штормовых судов с моря, портовыми рабочими почти вручную были сооружены два оградительных мола – западный и восточный.

Они надёжно прикрыли внутреннюю акваторию порта и она стала одной из самых безопасных гаваней Черноморья. Общество Владикавказской железной дороги имело в порту собственные ремонтные и механические мастерские, в которых строились баржи и шаланды, два механических завода, выпускавших паровые котлы и производивших ремонт машин и небольших судов.

Для эксплуатации всех сооружений в Новороссийске Общество Владикавказской железной дороги образовало в 1889 году Новороссийское коммерческое комиссионное агентство, для которого было выстроено на берегу моря недалеко от элеваторной линии красивое здание, в нём при советской власти разместилось управление торгового порта. Основной целью коммерческого агентства являлось привлечение и развитие перевозок железнодорожных грузов, главным образом хлеба, деятельность агентства вызывала интерес у хлеботорговцев. Им выдавались ссуды под принятые грузы, предоставлялись другие льготы. Новороссийское коммерческое агентство подчинило себе всю зерновую торговлю Кубани. Его деятельность привела к серьезным изменениям в организации хлебной торговли не только в России но и в Европе.