С постройкой Новороссийского порта для сельского хозяйства Северного Кавказа открылись широкие возможности сбыта зерна и других товаров за границу. Сельское хозяйство Предкавказья всё больше приобретало экспортный характер. Возможность экспорта через Новороссийский порт стимулировала дальнейшее железнодорожное строительство, которое вовлекало в торговый оборот новые, богатые хлебом районы. С окончанием строительства Ставропольской ветки в 1897 году усилился зерновой поток из этого плодородного района. Сооружение ветки Тихорецкая – Новороссийск в 1899 году дало выход приволжскому хлебу. Общий грузооборот Новороссийского порта за 1890-1900 годы вырос с 30,3 до 66,8 млн. пудов, или более чем в два раза. Зерно продолжает оставаться главным предметом экспорта Новороссийского порта.

Среди сельскохозяйственной продукции, проходящей через Новороссийский порт, следует назвать и животноводство. Ежегодно перевозилось до 25 тысяч голов крупного рогатого скота и до 50 тысяч голов овец, главным образом из Тверской и кубанской областей. По инициативе генерала Адамовича, имевшего в Новороссийске огромные запасы земли в личном пользовании, был построен большой холодильник в районе Цемесской бухты, и скотоводческие районы Юга и Юго-Востока, включая и астраханские степи, получили возможность сбыта через Новороссийск продуктов скотоводства за границу.

Важное место в экспорте Новороссийского порта после хлебных и вообще сельскохозяйственных грузов занимали нефть и нефтепродукты. Первый пароход с Ильской нефтью обществом «Русский Стандарт» был отправлен из Новороссийского порта ещё в 1882 году. С сооружением в 1894 году железнодорожной линии Беслан-Петровск и Петровского порта, был открыт выход к Чёрному морю нефтяным грузам Закавказья и положено начало интенсивному развитию Грозненского нефтепромышленного района. В 1900 году через Новороссийский порт было отправлено 17,2млн. пудов или 82, 7% всех прибывших в порт нефтяных грузов.

Соединённый железной дорогой с богатыми зерновыми районами и грозненскими нефтяными промыслами, Новороссийск к началу XX века превратился в порт общероссийского значения, стал «окном в Европу» для Северного Кавказа и всей Юго-Восточной России и занял видное место в системе внешней торговли России. На его долю приходилось до 80, 4% заграничного вывоза всех северокавказских портов.

Новороссийск - губернский город.

Быстро растущий спрос на цемент, расширение порта и торговли зерном в связи с подведением железной дороги, постоянный приток дешёвой рабочей силы и капитала обеспечили процветание промышленности и в то же время бурный рост Новороссийска. Из среднего военного укрепления он стремительно превращается в крупный промышленный центр юга России. В короткое время сооружается шоссейная дорога Новороссийск-Сухуми, начатая в 1891 году. С завершением строительства порта в 1888 году по экспорту хлеба он занимает второе место среди южных портов России. Через Новороссийск в центральные промышленные районы страны и Закавказья идут цемент, нефть, зерно, табак, рыба, фрукты. Вслед за постройкой в 1894 году элеватора в городе строится чугунолитейный, механический и нефтеперегонный заводы.

В 1888 году в городском саду предприниматель и бывший актёр Семён Митяев построил первый деревянный театр с буфетом и эстрадой для оркестра. А годом раньше Новороссийскими мещанами Н. И. Преображенским и П.Е. Чапуриным основана первая в городе типография. В скоре вышла газета «Новороссийский листок». С ростом населения поднимается культурнообразовательный уровень города. Решением Кавказского учебного округа в августе 1894 года в Новороссийске открывается мужская гимназия из 4-х классов. В следующем, 1895 году открывается женская гимназия. В 1894 году 1 марта у города появляется своя библиотека, подаренная профессором Э. Э. Баллионом в количестве 2909 томов книг.

В мае 1896 года в Новороссийск становится губернским городом. Положением «Высочайше» утверждённым 23 мая 1896 года из Черноморского округа была образованна Черноморская губерния - самая малая по величине губерния в Российской империи. Образована она была в составе трёх округов - Новороссийского, Туапсинского и Сочинского. Губернатором вновь образованной Черноморской губернии 19 мая 1896 года был назначен Евграф Филиппович Тиханов. Он управлял губернией до 1901 года. Всех населённых мест в губернии насчитывалось, кроме городов, 59. Преобладающее население по губернии составляли русские и украинцы, а также, армяне, греки, чехи, молдаване и др. Еще накануне утверждения Положения о создании Черноморской губернии, в будущём губернском городе Новороссийске вводится городское самоуправление.

В период с 21 по 28 ноября намечалось провести выборы. Тайным голосованием были избранны члены управы, её секретарь и городской Голова. Первым городским Головой был избран врач Михаил Федорович Пенчул, уважаемый в городе человек, один из первых переселенцев, занимавший должность медика при начальнике Черноморского округа.

Первым делом отцы города пытаются наладить хозяйственное и культурное строительство, позаботиться об улучшении образования увеличивающегося населения губернской столицы. В 1896 году дума выносит постановление об открытии при мужской гимназии пятого и следующих классов. Из городского бюджета выделены средства для строительства гимназии. Для города это событие было незаурядным. Специально из столицы был выписан инженер-архитектор Лукашевич. А проект утверждённый самим императором Николаем II, был создан немецким архитектором. Через два года красивое здание мужской гимназии было построено на улице Дмитриевской (Энгельса).

Здание женской гимназии было построено в 1901 году по проекту архитектора Н. Н. Карлинского по улице Вельяминовской ( Революции 1901 года).

Выпуск первой городской газеты в декабре 1902 года организовал Ф. С. Леонтович, называлась она «Черноморское побережье». Её редактору удалось объединить многих журналистов, привлечь к участию литераторов, краеведов, пишущую интеллигенцию. В этой газете были напечатоны первые стихи Мариэтты Шагинян, жившей тогда в Геленджике - «Геленджикские мотивы».

Всё более привлекательным в Новороссийске местом отдыха в летний период как для горожан так и для гостей города являлось купание в море. Городские купальни также находились под постоянным контролем Городской думы. С 1 июня 1896 года новые купальни Д.С. Серафимова были открыты в районе нынешнего парка Фрунзе. В распространённом объявлении указывалось что «образцовые купальни Д. С. Серафимова в Новороссийске… по устройству, удобствам и обширности лучшие на всём Черноморском побережье».

1900 году был решён, наконец, затянувшийся вопрос о включении в состав города Зацемесской стороны. Присоединение Зацемесской стороны имело важное значение для дальнейшего развития Новороссийска. Признавая большую роль в этом главноначальствующего гражданской частью на Кавказе генерала князя Григория Сергеевича Голицына, Новороссийская городская Дума 9 сентября 1900 года приняла решение об избрании его Почётным гражданином г. Новороссийска и утверждении стипендии его имени.