Составной частью органов государственного финансового контроля являются органы, обеспечивающие контроль за сбором налогов и их своевременным поступлением в доходы бюджетов различных уровней. В соответствии с Законом РФ от 21 марта 1991 г. N 943-1 «О налоговых органах Российской Федерации», налоговые органы РФ - это единая система контроля за соблюдением налогового законодательства РФ, правильностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения в соответствующий бюджет налогов и других обязательных платежей, установленных законодательством РФ, а также контроля за соблюдением валютного законодательства РФ, осуществляемого в пределах компетенции налоговых органов.

Налоговый контроль охватывает действия налоговых органов по надзору за соблюдением налогоплательщиками и иными обязанными лицами законодательства о налогах и сборах, а также принятых в соответствии с ним нормативных правовых актов, по осуществлению мер по предотвращению и устранению нарушений, а также по привлечению виновных лиц к ответственности за совершение налоговых правонарушений.

По соглашению о порядке взаимодействия между Счетной палатой РФ и Министерством Российской Федерации по налогам и сборам (преобразовано в Федеральную налоговую службу) от 10 июля 2001 года, стороны в пределах своей компетенции осуществляют взаимодействие и координацию деятельности по следующим направлениям:

1. Счетная палата РФ направляет ФНС материалы о нарушениях законодательства РФ о налогах и сборах, выявленных в результате проведения контрольных мероприятий.

2. Стороны оказывают друг другу взаимную правовую и экспертную помощь.

3. Организуется доступ должностных лиц Счетной палаты Российской Федерации к сведениям, составляющим налоговую тайну, в порядке, установленном статьей 102 Налогового кодекса РФ и оказание взаимной помощи по вопросам пользования ведомственными базами данных и информационной безопасности.

4. Происходит обмен аналитической и статистической информацией, а также иной информацией, представляющей взаимный интерес.

Федеральная антимонопольная служба

Между Министерством Российской Федерации по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства (преобразовано в Федеральную антимонопольную службу) и Счетной палатой РФ заключен протокол о взаимодействии.[41] Согласно этому протоколу, ФАС России сообщает в Счетную палату РФ о ставших известными фактах нарушений использования средств федерального бюджета, средств бюджетов федеральных внебюджетных фондов и федеральной собственности. В том числе о фактах их неэффективного и нецелевого использования, нарушениях, допускаемых федеральными органами исполнительной власти, органами власти субъектов Российской Федерации и органами местного самоуправления при проведении конкурсов в целях определения лиц, привлекаемых для осуществления отдельных операций со средствами соответствующего бюджета. ФАС России информирует Счетную палату РФ, по ее обращениям, о результатах проведенных мероприятий.

Счетная палата РФ, в свою очередь, сообщает в ФАС России о ставших известными фактах нарушения антимонопольного законодательства Российской Федерации; информирует ФАС России, по его обращениям, о результатах контрольных мероприятий, проведенных Счетной палатой РФ. Счетная палата РФ и ФАС России организуют обмен информацией по вопросам, представляющим взаимный интерес.

Агентство по управлению федеральным имуществом

Согласно соглашению о сотрудничестве между Счетной палатой РФ Федеральным агентством по управлению федеральным имуществом, заключенному 11 июля 2005 года, стороны осуществляют и развивают сотрудничество в сфере контроля за федеральной собственностью, содействуя повышению эффективности управления, распоряжения и использования федерального имущества, его сохранности. А также способствуют разработке и внедрению новых методов и технологий контрольно-ревизионной, информационной, научно-технической и иной деятельности.

Сотрудничество сторон данного соглашения осуществляется по следующим направлениям:

- взаимодействие по вопросам проведения контрольных мероприятий,

- проведение аналитических мероприятий по вопросам эффективности процессов приватизации, управления и распоряжения федеральным имуществом, совершенствования контроля за его использованием;

- обмен опытом и координация работ по созданию и обеспечению функционирования информационных систем и телекоммуникационных сетей, а также по формированию информационных ресурсов в интересах эффективного решения поставленных задач;

- осуществление и координация совместных научно-исследовательских, опытно-конструкторских и инновационных программ и проектов;

- содействие в обучении работников и подготовке научных кадров высшей квалификации.

Сотрудничество в рамках Настоящего Соглашения может реализовываться в следующих основных формах:

- обмен информацией о нарушениях законодательства Российской Федерации, выявленных в ходе осуществления контроля за эффективностью использования и сохранностью федеральной собственности поступлением в федеральный бюджет средств от распоряжения и управления федеральным имуществом;

- предоставление методических документов и статистических данных, а также иной информации, представляющей взаимный интерес, для чего сторонами определяются состав, структура и форматы данных, а также процедуры передачи информации в электронном виде;

- оказание взаимной помощи по вопросам доступа к базам данных сторон, в том числе касающихся оценки и учета федерального имущества и доходов от его использования;

- проведение финансово-правовой экспертизы по актуальным вопросам деятельности сторон;

- реализация договоров о выполнении научно-исследовательских и иных работ, оказание образовательных и консультационных услуг;

- координация деятельности и оказание необходимой помощи по вопросам, возникающим в процессе сотрудничества, включая проведение совместных мероприятий; при взаимном согласии участие каждой из сторон в работе коллегиальных, совещательных, научных и иных органов и структур другой стороны;

- проведение научно-практических конференций и семинаров по проблемам финансового контроля и эффективного использования федеральной собственности.

Министерство иностранных дел

Среди двухсторонних соглашений о взаимодействии с участием Счетной палаты РФ можно также назвать Соглашение между Счетной палатой Российской Федерации и Министерством иностранных дел Российской Федерации. Согласно данному соглашению:

Стороны совместно разрабатывают и реализуют мероприятия, направленные на широкое информирование зарубежной общественности о функционировании системы государственного финансового контроля в Российской Федерации, оказывают взаимную поддержку интернет-сайтов и иных информационных ресурсов друг друга.

Счетная палата Российской Федерации организует систематическое информирование МИДа России о своем участии в мероприятиях в области международного сотрудничества в целях координации их информационного обеспечения и поддержки дипломатическими и международно-правовыми средствами.