12 октября 1998 года в соответствии с Указом Президента РК "О дальнейшем реформировании системы государственных органов Республики Казахстан", Комитет налоговой полиции вошел в состав вновь образованного Министерства государственных доходов Республики Казахстан.

С целью подготовки специалистов для органов налоговой полиции и таможенной службы 18 августа 1999 года постановлением Правительства РК образована Академия налоговой полиции как государственное образовательное учреждение высшего и послевузовского профессионального образования.

22 января 2001 года Указом Президента РК №536 "О мерах по совершенствованию правоохранительной деятельности в Республике Казахстан" образовано Агентство финансовой полиции РК как центральный исполнительный орган, не входящий в состав Правительства Республики Казахстан, с передачей ему функций и полномочий по управлению имуществом и делами упраздняемого Комитета налоговой полиции и Академии налоговой полиции Министерства государственных доходов.

4 июля 2002 года Президент Республики Казахстан Н. Назарбаев подписал Закон Республики Казахстан "Об органах финансовой полиции Республики Казахстан". Сделан еще один шаг в построении правового государства, и органы финансовой полиции стали полноправными участниками этого процесса. В соответствии с подписанным Законом, органы финансовой полиции ориентированы, прежде всего, на устранение причин, порождающих экономические правонарушения, пресечение незаконного вмешательства в предпринимательскую деятельность, налоговых преступлений, правонарушений, сдерживающих развитие законного бизнеса, борьбу с коррупцией и контрабандой. Эти задачи были определены и одобрены Главой государства как приоритетные.

10 февраля 2003 года Указом Президента Республики Казахстан Назарбаева Н.А. "Об утверждении описаний знамени и символа органов финансовой полиции Республики Казахстан" утверждена официальная символика органов финансовой полиции.

23 декабря 2003 года Главой государства подписан Указ "О мерах по дальнейшему совершенствованию системы государственного управления Республики Казахстан". Данный акт подготовлен во исполнение решения Совета безопасности Республики Казахстан от 3 декабря 2003 года и предусматривает ряд конкретных мер, направленных на совершенствование деятельности правоохранительных органов, активизацию их борьбы с экономической и коррупционной преступностью, а также с преступлениями в сфере незаконного оборота наркотиков.

Принятым Указом Агентство финансовой полиции Республики Казахстан преобразовано в Агентство Республики Казахстан по борьбе с экономической и коррупционной преступностью (финансовая полиция). Ему дополнительно передаются функции и полномочия Министерства внутренних дел по выявлению и расследованию экономических и коррупционных преступлений, что позволит исключить дублирование в деятельности правоохранительных органов, повысить эффективность борьбы с преступными посягательствами в сфере экономики и государственного управления.

29 января 2004 года принято Постановление Правительства Республики Казахстан N 100 "Вопросы Агентства Республики Казахстан по борьбе с экономической и коррупционной преступностью (финансовая полиция)".

27 февраля 2001 года постановлением Правительства Республики Казахстан утверждено Положение об Агентстве финансовой полиции РК, согласно которому на органы финансовой полиции возложены следующие основные задачи:

· предупреждение, выявление и пресечение правонарушений в сфере экономической и финансовой деятельности;

· организация эффективного функционирования органов финансовой полиции по обеспечению экономической безопасности Республики Казахстан, в том числе по расследованию правонарушений в сфере экономической и финансовой деятельности, а также правонарушений, связанных с уклонением от уплаты налогов, таможенных сборов и других обязательных платежей в бюджет, легализацией (отмыванием) денежных средств или иного имущества, добытых незаконным путем;

· осуществление розыска лиц, совершивших правонарушения в сфере экономической и финансовой деятельности или подозреваемых в их совершении, а также принятие мер к возмещению нанесенного государству ущерба;

· анализ и прогноз оперативной обстановки в республике, выработка предложений по укреплению законности в сфере экономической и финансовой деятельности и принятие мер оперативного реагирования по вопросам, требующим вмешательства органов финансовой полиции;

· обеспечение безопасности деятельности финансовых органов, а также по поручению Правительства Республики Казахстан обеспечение безопасности деятельности налоговых и таможенных органов Республики Казахстан.

· При этом, органам финансовой полиции предоставлены следующие права:

· давать обязательные для исполнения предписания, представления юридическим или физическим лицам;

· при наличии достаточных оснований, указывающих на признаки преступления, связанного с уклонением от уплаты налогов, производить налоговые проверки совместно с налоговым органом на основании предписания налогового органа;

· запрашивать и получать информацию от государственных органов, иных организаций, должностных лиц и граждан;

· требовать от руководителей и других должностных лиц организаций, независимо от форм собственности, а также физических лиц устранения нарушений законодательства и контролировать его выполнение;

· осуществлять оперативно-розыскную деятельность, дознание и предварительное следствие;

· принимать участие в разработке и реализации совместных с другими правоохранительными органами программ борьбы с преступностью в Республике Казахстан;

· составлять протоколы об административных правонарушениях, а также применять другие меры, предусмотренные законодательством об административных правонарушениях;

· представлять Республику Казахстан в международных отношениях по вопросам предупреждения, выявления и пресечения правонарушений в сфере экономической и финансовой деятельности, заключать международные соглашения.

В обязанности органов финансовой полиции в соответствии с поставленными перед ними задачами входит:

· осуществлять в пределах своей компетенции предварительное следствие и дознание по делам о правонарушениях в сфере экономической и финансовой деятельности;

· принимать, регистрировать заявления, сообщения и иную информацию о правонарушениях в сфере экономической и финансовой деятельности, осуществлять, в установленном законодательством порядке, их проверку и принятие по ним решений;

· в пределах компетенции обеспечивать безопасность деятельности финансовых органов, защиту их работников и членов их семей от преступных посягательств, связанных с исполнением ими служебных обязательств;

· исполнять в пределах своей компетенции решения судов, письменные поручения прокуроров, следователей о производстве розыскных и иных, предусмотренных законом действий, оказывать им содействие в производстве отдельных процессуальных действий;