Еще одним существенным отличием ныне действующего законодательства от норм, предусмотренных в Налоговом кодексе, является включение предпринимателей в число налогоплательщиков. Необходимо отметить, что лица, занимающиеся предпринимательской деятельностью без образования юридического лица, признавались плательщиками НДС в течение года с момента введения этого налога в России. Однако из-за объективных сложностей с взиманием нового налога, значительных административных расходов, связанных с налогообложением граждан, и незначительных сумм НДС, поступавших в доходы бюджета от предпринимательской деятельности физических лиц, с 1 января 1994 года такие лица из перечня налогоплательщиков исключены.

Однако по мере развития частного предпринимательства в России и, соответственно, увеличения количества товаров, работ, услуг, реализуемых на рынке предпринимателями, освобождение их от НДС привело к негативным последствиям для покупателей этих товаров, которые также являются плательщиками НДС. Дело в том, что в отличие от продажи товаров, не освобожденных от НДС, при продаже товаров, произведенных предпринимателями и реализуемых ими без налога, перепродавцам приходится уплачивать в бюджет НДС со всей цены продажи товара без зачета налога. Кроме того, сами предприниматели не имеют права возмещать из бюджета суммы налога, уплаченные поставщикам материальных ресурсов производственного назначения, приобретаемых ими для своей деятельности. В связи с этим товары, реализуемые предпринимателями другим предприятиям и организациям для их производственных нужд, включаются в затраты, связанные с производством продукции, по полной цене приобретения и, в конечном итоге, при реализации готовой продукции повторно облагаются НДС. Таким образом, включение в число плательщиков налога на добавленную стоимость предпринимателей будет способствовать устранению имеющихся искажений при применении НДС в случаях использования товаров, приобретаемых у таких лиц для производственных целей или перепродажи, поскольку налог по приобретаемым материальным ресурсам может приниматься к зачету только при условии его применения (выделения в счетах-фактурах) поставщиком-налогоплательщиком.

Кроме того, следуя одному из основных направлений налоговой политики по сокращению налоговых льгот и созданию равнонапряженных условий налогообложения хозяйствующих субъектов, в проекте Налогового кодекса предложено упразднить ряд ныне действующих налоговых льгот (по строительству жилых домов, по услугам, оказываемым предприятиями туристско-экскурсионной сферы, услугам в области обеспечения пожарной безопасности, по редакционной и издательской деятельности и т.д.). Как показывает практика применения НДС, существующие льготы по этому налогу не только не приносят существенного снижения налогового бремени для большинства налогоплательщиков, но и значительно усложняют ведение учета. Это происходит, во-первых, из-за невозмещения налога по материальным ресурсам и включения его в общую сумму затрат и, во-вторых, по причине необходимости ведения налогоплательщиком раздельного учета операций по реализации товаров (работ, услуг) как облагаемых, так и не облагаемых НДС. Оставшиеся в Налоговом кодексе льготы сохранены по причине сложности определения налогооблагаемой базы (банковские операции, услуги по страхованию), действия международных правил (товары, работы, услуги, реализуемые дипломатическим представительствам), социального характера (лекарственные средства и т.д.).

Помимо этого в проекте Налогового кодекса предусматривается, что предприниматели, предприятия и организации с предельной численностью работающих до 15 человек имеют право на освобождение от уплаты налога в течение каждого последующего налогового периода, если в течение двух предыдущих кварталов их ежеквартальная выручка от реализации товаров (работ, услуг) не превышала 2500-кратного минимального размера оплаты труда, установленного законодательством Российской Федерации. Для освобождения от налогообложения необходимо будет представить соответствующее заявление в налоговые органы. Однако независимо от размера выручки от реализации товаров (работ, услуг) не могут освобождаться малые предприятия, которые не вправе применять упрощенную систему налогообложения (кредитные учреждения, страховые организации, предприятия по добыче драгметаллов и некоторые другие), а также предприятия и предприниматели, являющиеся плательщиками акцизов.

Другим существенным отличием порядка применения НДС, предлагаемого Налоговым кодексом, от установленного действующим законодательством, является новый порядок возмещения (принятия к зачету) налога по материальным ресурсам производственного назначения. В соответствии с действующим законодательством при определении налогоплательщиками суммы налога, подлежащей взносу в бюджет, из суммы НДС, полученной от покупателей за реализованные товары (работы, услуги), вычитается сумма налога по материальным ресурсам производственного назначения только по мере их оплаты поставщикам. В Налоговом же кодексе предложено принимать к зачету соответствующую сумму НДС по мере получения счетов-фактур от поставщиков независимо от факта оплаты приобретаемых материальных ресурсов. Такой порядок возмещения НДС не только существенно экономит оборотные средства налогоплательщиков, но и практически нейтрализует влияние этого налога на их покупательскую способность по отношению к материальным ресурсам.

Кроме этого, для сокращения отвлечения собственных оборотных средств предприятий впервые за время действия в России НДС предлагается производить зачет или возмещение из бюджета сумм налога, уплаченных при приобретении основных средств и нематериальных активов за счет бюджетных ассигнований, а также сумм налога по вводимым в эксплуатацию законченным капитальным строительством независимо от источника финансирования. Принятие данной нормы недешево обойдется бюджету, но устранит существующее несоответствие принципов действия НДС фактическому правилу завышения затрат налогоплательщиков по производству товаров, (работ, услуг) из-за включения в их состав этого налога через амортизационные отчисления по объектам капитального строительства, учитываемым с НДС.

Согласно действующему в настоящее время законодательству предприятия, реализующие товары в режиме оптовой торговли, начисляют НДС по установленной ставке ко всей продажной цене товара, а в бюджет уплачивают разницу между суммой налога, полученной от покупателя, и суммой налога, уплаченной поставщикам товаров. Предприятия же розничной торговли уплачивают налог только с торговой наценки и при этом не имеют права на зачет налога, уплаченного поставщикам товаров. Если торговое предприятие одновременно занимается оптовой и розничной торговлей, у него возникают значительные трудности при исчислении налога и ведении бухгалтерского учета. В связи с этим предусматривается установить порядок определения облагаемого оборота у предприятий розничной торговли и общественного питания аналогичный порядку, применяемому предприятиями оптовой торговли.