16 июня 1990 года постановлением I Съезда народных депутатов РСФСР была создана Конституционная комиссия, председателем которой был избран Председатель ВС Ельцин, а заместителем председателя - первый зам. председателя ВС Руслан Хасбулатов .

В июле 1990 года на XXVIII съезде КПСС Ельцин вышел из партии. Он мотивировал свой шаг тем, что при избрании на пост Председателя Верховного Совета обещал выйти из всех политических партий и движений.

В январе 1991 года, когда советские войска захватили телецентр в г. Вильнюсе, Ельцин осуществил поездку в г.Таллин. В ходе этой поездки был подписан ряд соглашений с тремя республиками Прибалтики. По оценкам ряда СМИ, это помогло предотвратить свержение руководством СССР демократических режимов в этих республиках.

По инициативе некоторых народных депутатов России был назначен референдум о введении в РСФСР поста Президента и назначении всенародных президентских выборов. Референдум был назначен на тот же день, что и всесоюзный референдум о сохранении СССР.

19 февраля 1991 года Ельцин выступил по телевидению с резкой критикой политики правительства, требованием отставки Михаила Горбачева с поста президента СССР и передачи власти Совету Федерации в составе руководителей союзных республик.

На проведенных 17 марта 1991 г. референдумах большинство населения страны высказалось за сохранение СССР, но и за введение поста Президента России.

28 марта 1991 года открылся III съезд народных депутатов РСФСР. По требованию ряда депутатов союзное правительство запретило митинг сторонников Ельцина и ввело в город дополнительные воинские подразделения "для обеспечения безопасности депутатов". Но на съезде Ельцин одержал победу, получив дополнительные полномочия.

23 апреля 1991 года Ельцин вместе с представителями 8 бывших союзных республик (исключение составили три прибалтийские республики, Молдавия, Грузия и Армения) и Президент СССР подписали соглашение "9+1", положившее начало разработке нового Союзного договора, который предусматривал предоставление республикам большой самостоятельности в рамках СССР.

12 июня 1991 года на первых выборах Президента РСФСР Ельцин баллотировался в тандеме с Александром Руцким (на пост вице-президента) и победил в первом туре. Другими претендентами на этот высший государственный пост были Николай Рыжков , Владимир Жириновский , Вадим Бакатин , Альберт Макашов , Аман Тулеев .

В связи с избранием президентом РСФСР Ельцин сложил с себя полномочия народного депутата СССР. На этом посту Ельцин также занимал должности председателя Конституционной Комиссии РФ, председателя Чрезвычайной комиссии по продовольствию и председателя Высшего консультативного координационного Совета.

В июне 1991 года Ельцин своим Указом образовал не предусмотренный Конституцией Государственный Совет при Президенте РСФСР. Координировал его работу назначенный Государственным секретарем Геннадий Бурбулис.

20 июля вышел Указ Ельцина о ликвидации партийных организаций на государственных предприятиях и в учреждениях на территории России.

19-21 августа 1991 года Ельцин возглавил борьбу с попыткой государственного переворота в стране. Все три дня находился в Доме Советов РСФСР. В эти дни он издал ряд Указов, расширявших полномочия Президента РСФСР в сфере управления Вооруженными Силами, органами внутренних дел, переподчинявших Президенту РСФСР ряд союзных министерств и ведомств.

22 августа своим Указом Ельцин приостановил, а затем запретил деятельность КПСС.

В сентябре 1991 года Ельцин поддержал идею Михаила Горбачева о преобразовании СССР в Союз Суверенных государств, а в октябре заявил о том, что "Россия никогда не выступит инициатором развала Союза".

В октябре 1991 года Ельцин возглавил новое правительство Российской Федерации в качестве его председателя (занимал этот пост до назначения 15 июня 1992 г. Егора Гайдара и.о. председателя правительства). Тогда же Ельцин изложил программу радикальных реформ, целью которых был провозглашен переход к рыночной экономике.

На V Сьезде народных депутатов России (28 октября - начало ноября 1991 года) Ельцин получил чрезвычайные полномочия, в частности, право издавать нормативные указы, как глава правительства реформ.

7-8 декабря 1991 года в Беловежской пуще состоялась встреча президентов России и Украины и Председателя Верховного Совета Белоруссии, результатом которой стала ликвидация СССР и создание Содружества Независимых Государств (СНГ).

В ходе встречи глав союзных республик состоявшейся 21 декабря в г. Алма-Ате, число учредителей СНГ было увеличено до 11.

2 января 1992 года постановлением правительства, которое последовало за аналогичным по содержанию указом президента была введена либерализация цены на большинство товаров народного потребления. 14 января с требованием отставки правительства выступил Руслан Хасбулатов. Аналогичную позицию занял и вице-президент РФ Александр Руцкой.

В конце января 1992 года Ельцин выступил с инициативами по разоружению и заявил, что отныне оружие бывшего СССР не будет нацелено на города США. Это заявление стало одним из главных вопросов, обсуждавшихся в ходе визитов Ельцина в США, Канаду, Францию (30 января - 8 февраля).

2 февраля 1992 года на встрече президентов России и США в Кэмп-Дэвиде (Вашингтон) Борис Ельцин и Джордж Буш заявили о начале качественно нового этапа во взаимоотношениях двух стран.

16 марта 1992 года был подписан Указ о создании Министерства обороны России. Временно исполняющим обязанности министра обороны стал сам Ельцин (7 мая на этот пост был назначен генерал Павел Грачев ). 31 марта 1992 года представителями республик, краев и областей, а также автономных округов и городов федерального значения был подписан Федеративный Договор, включающий в себя несколько документов о распределении полномочий между Российской Федерацией и ее субъектами.

1 декабря 1992 года в Москве открылся VII съезд народных депутатов РФ. Съезд признал работу правительства под руководством Егора Гайдара неудовлетворительной. С антиправительственной речью выступил вице-президент РФ Руцкой. Ельцин предложил Съезду компромиссное решение, по которому назначение трех "силовых министров" требовало бы согласования кандидатур с Верховным Советом. Этим Ельцин надеялся добиться от депутатов утверждения Гайдара на посту премьер-министра, однако 9 декабря Съезд отклонил эту кандидатуру и принял ряд поправок к Конституции, ограничивающих полномочия президента.

10 декабря 1992 года Ельцин выступил на съезде с обращением к согражданам, в котором заявил о невозможности дальнейшего сотрудничества со Съездом народных депутатов и спикером Хасбулатовым. Он объявил о назначении всенародного референдума в январе 1993 года по вопросу: "Кому Вы доверяете вывод страны из экономического и политического кризиса, возрождение РФ - нынешнему составу Съезда и ВС или Президенту России?". Ельцин предложил своим сторонникам покинуть зал заседаний, рассчитывая, что съезд лишится кворума. Однако этого не произошло: в зале остались более 2/3 депутатов. Многие депутаты расценили действия президента как попытку переворота.