11-12 декабря в ходе переговоров при посредничестве Конституционного Суда было подписано соглашение между Съездом и Президентом. Ельцин предложил Съезду для "мягкого рейтингового голосования" три кандидатуры на пост председателя правительства: Юрия Скокова , Виктора Черномырдина и Егора Гайдара. В результате голосования Ельцин назначил премьер-министром Виктора Черномырдина. На Съезде было подтверждено истечение срока действия дополнительных полномочий Президента РФ для проведения экономической реформы.

На апрель 1993 года был назначен референдум по основным положениям новой Конституции, а принятые Съездом поправки к Конституции, относящихся к полномочиям Президента, были "заморожены" до проведения референдума.

7 марта Ельцин направил в ВC свой проект вопросов к референдуму (двухпалатный парламент, президентская республика, механизм принятия Конституции Конституционным совещанием, право частной собственности на землю). 9 марта на совещании Совета глав республик РФ он заявил, что готов на компромисс: его отказ от референдума взамен на новое конституционное соглашение, расширяющего полномочия Президента.

10 марта 1993 года на YIII съезде народных депутатов РФ была принята резолюция, полностью дезавуирующая декабрьское соглашение.

20 марта 1993 года Ельцин выступил с телевизионным обращением к народу, в котором сообщил о подписанном им указе об особом порядке управления страной до преодоления конституционного кризиса. Этим указом предусматривалось проведение 25 апреля референдума по вопросам о доверии Президенту и вице-президенту, проекте новой Конституции и нового Закона о выборах нового федерального парламента. Кроме того, Ельцин объявлял недействительными все решения ВС или Съезда, направленные на отмену или приостановление действия его Указов.

21 марта вскоре после полуночи состоялось телевизионное выступление вице-президента Руцкого, председателя Конституционного Суда Валерия Зорькина и Генерального прокурора Валентина Степанкова , в котором они осудили решения Президента РФ, назвав их неконституционными. Хасбулатов квалифицировал действия Ельцина как попытку государственного переворота. Был срочно созван Верховный Совет, назначивший на 26 марта созыв IX съезда народных депутатов.

25 марта был опубликован существенно измененный указ президента о проведении 25 апреля всенародного референдума - в нем не было упоминания об "особом порядке управления".

На IX съезде Борис Ельцин вновь подвергся острой критике. 28 марта Хасбулатов представил Съезду проект постановления о проведении досрочных одновременных выборов президента и Съезда, согласованный ночью на встрече Хасбулатова и Ельцина. Представители большинства депутатских фракций выступили с осуждением действий Хасбулатова "за спиной съезда", категорически отвергли его предложение и поставили вопрос об импичменте президенту и отставке Хасбулатова. Однако в результате голосования оба остались на своих постах. При голосовании за отрешение президента от должности "за" проголосовали 617 депутатов (для принятия этого решения не хватило 72 голосов).

Съезд принял решение о проведении 25 апреля всенародного референдума о доверии Президенту РФ; об одобрении социально-экономической политики Президента и правительства РФ; о назначении досрочных выборов Президента РФ и о назначении досрочных выборов народных депутатов РФ. Ельцин призвал избирателей высказаться положительно по всем четырем вопросам.

25 апреля 1993 года состоялся референдум. В результате более 50 процентов принявших участие в голосовании выразили доверие президенту РФ и его социально-экономической политике. За досрочные выборы народных депутатов и президента высказалось более 50 процентов участников голосования, но менее половины от общего числа избирателей, вследствие чего положительное решение по этим вопросам, как носящим конституционный характер, принято не было.После референдума Ельцин заявил, что "политика реформ находится теперь под защитой народа".

В начале августа 1993 года на встрече с руководителями телекомпаний Ельцин заявил о намерении окончательно решить вопрос о власти уже до конца года и назвал август месяцем "артподготовки". Тогда же он предпринял ряд поездок по воинским частям. Руководство парламента высказывало мнение, что Борис Ельцин готовится произвести государственный переворот.

21 сентября 1993 года Борис Ельцин издал Указ N 1400 "О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации". Этим указом распускался Съезд народных депутатов, Верховный Совет России. Указ прекратил действие Конституции Российской Федерации в части, противоречащей тексту Указа. По словам самого Ельцина, указ был подписан еще в августе 1995 г.

Немедленно собравшийся Конституционный суд объявил указ N 1400 и обращение Ельцина к гражданам России неконституционными, указав, что они служат основанием для отрешения Ельцина от должности. Затем на экстренном заседании Съезда народных депутатов Елцин был отрешен от должности, его обязанности перешли к вице-президенту Александру Руцкому.Однако депутаты Верховного Совета и их сторонники были блокированы в здании и на прилегающей площади милицией и войсками. Были отключены коммуникации, обеспечивающие жизнедеятельность. 3 октября оцепление было прорвано, начались столкновения сторонников ВС с милицией и войсками. После неудачной попытки штурма зданий телекомпании "Останкино" в Москву вошли войска и 4 октября здание Верховного Совета "("Белый Дом") было взято штурмом 6 октября 1993 г. Ельцин своим Указом приостановил деятельность Конституционного Суда Российской Федерации. На период до избрания нового парламента вся исполнительная и законодательная власть оказалась сосредоточенной в руках Ельцина.

Указом президента все организации, участвовавшие в вооруженном мятеже, а также оппозиционные издания были запрещены на период чрезвычайного положения. Позже Ельцин начал роспуск Советов всех уровней.

10 июня 1994 года Ельцин подписал пакет из шести экономических указов. Самым сложным Борис Ельцин назвал указ "О совершенствовании работы банковской системы Российской Федерации". Подписаны были также указ о жилищных кредитах, о выпуске в обращение жилищных сертификатов, о мерах по обеспечению достройки незавершенного строительства жилых домов, о защите потребительских прав граждан.

В октябре 1994 года президент отменил проведение выборов глав исполнительной власти в регионах. По мнению президента, это необходимо было сделать для укрепления вертикали исполнительной власти.

9 декабря 1994 года Ельцин издал Указ "О мерах по пресечению деятельности незаконных вооруженных формирований на территории Чеченской Республики и в зоне осетино-ингушского конфликта". 11 декабря на территорию Чечни вошли войска министерства обороны и министерства внутренних дел России.

19 января 1995 года было обнародовано заявление президента РФ, в котором отмечается, что "военный этап восстановления действия Конституции Российской Федерации в Чеченской Республике практически завершен. Дальнейшая миссия восстановления законности, порядка и гражданских прав населения переходит в компетенцию Министерства внутренних дел".