На пост московского генерал-губернатора был назначен генерал-аншеф князь Михаил Никитич Волконский, вступивший в исполнение своей должности 21 ноября 1771 г.

На долю Волконского выпало бороться с остатками эпидемии и бунта и обустраивать город. Братские кладбища жертв, образовавшиеся за московскими заставами, были преобразованы в городские общественные кладбища, а погребения на кладбищах при церквях и монастырях Москвы было запрещено, кроме «знатных персон», которых разрешалось хоронить в монастырях, но за пределами Белого города. Так возникли Ваганьковское, Дорогомиловское, Даниловское, Миусское, Рогожское, Преображенское, Введенское (Иноверческое) кладбища.

С созданием комплекса городских кладбищ прекращалась средневековая погребальная традиция. Похороны изгонялись из повседневности городской жизни. Век просвещения обращался в этом к античной традиции загородных некрополей.

Программой создания городских кладбищ воспользовались старообрядцы, сумевшие получить дозволение организовать два кладбища — Рогожское и Преображенское, впоследствии ставшие духовными, административными и культурными центрами старообрядчества. Еще в начале XX в. на Рогожском кладбище можно было встретить замшелый обелиск с полустершейся надписью в честь умерших от чумы:

В числе множества удручающих смертных скорбей

Моровая язва свирепее всех поедает людей.

Не щадит она младенцев, ни юношей цветущих лет,

И самым древним старцам от нея пощады нет.

Сия величайшая в мире на человечество напасть

Издревле ужаснее браней наводит собой страсть,

Хотя не всегда одинаково в людях действие бывает,

Но равно всех лютостью своею убивает .

Вскоре после подавления Чумного бунта над Москвой вновь нависла угроза мятежа.

Во время Пугачевского восстания столичные власти и дворянство с ужасом ожидали повторения недавних событий. В Москву были стянуты семь полков под командованием генерала П.И.Панина. Московский генерал-губернатор князь М.Н.Волконский распорядился поставить рядом со своим домом артиллерию. Полиция усилила надзор и рассылала в людные места осведомителей — с тем, чтобы хватать всех сочувствовавших Пугачеву.

Восстание не добралось до Москвы; второй столице всё же довелось встречать Пугачева, хотя и вовсе не таким образом, как он сам этого хотел.

Пугачев был доставлен в Москву 4 ноября 1774 г. в железной клетке и помещен на Монетном дворе возле Воскресенских ворот Китай-города (современный Исторический проезд). Несколько месяцев в Москве велось следствие, для чего в город приехал генерал-прокурор князь А.А.Вяземский.

В то время, по воспоминаниям А.Т.Болотова, любопытствующие допускались смотреть на бунтовщика в его заточении. «Москва вся занималась в сие время одним только Пугачевым, — пишет Болотов. — Сей изверг был уже тогда в нее привезен, содержался окованный на цепях, и вся Москва съезжалась тогда смотреть сего злодея, как некоего чудовища, и говорила об нем».

Казнь Пугачева и его главнейших сподвижников была назначена на 10 января 1775 г., а местом проведения выбрана Болотная площадь (с южной стороны Софийского острова). На месте казни был поставлен деревянный эшафот, на котором должны были четвертовать Пугачева и его товарища Афанасия Перфильева. Другие соратники Пугачева были приговорены к повешению.

Как только Пугачева ввели на эшафот, секретарь начал читать длинное сенатское определение, перечислявшее все его преступления. «Но нас занимало не столько слышание читаемого, — вспоминал Болотов, — как само зрелище осужденного злодея . Он стоял в длинном нагольном овчинном тулупе почти в онемении и сам вне себя, только крестился и молился. Вид и образ его показался мне совсем не соответствующим таким деяниям, которые производил сей изверг.

Он походил не столько на зверообразного какого-нибудь лютого разбойника, как на какого-либо маркитантишка или харчевника плюгавого. Бородка небольшая, волосы всклокоченные, и весь вид ничего не значащий и столь мало похожий на покойного императора Петра Третьего, которого случалось мне так много раз и так близко видеть, что я, смотря на него, сам себе несколько раз в мыслях говорил: “Боже мой! До какого ослепления могла дойтить наша глупая и легковерная чернь, икак можно было сквернавца сего почесть Петром Третьим!”»

Вокруг эшафота стояли виселицы с лестницами, на которых стояли в ожидании своей казни другие осужденные с надетыми на головы холщовыми колпаками. После прочтения приговора Пугачев начал кланяться во все стороны, говоря: «Прости, народ православный!». Экзекутор дал знак к исполнению казни.

Однако произошло неожиданное. Болотов пишет: «Со всем тем произошло при казни нечто странное и неожидаемое, и вместо того, чтоб, в силу сентенции, наперед сего четвертовать и отрубить ему руки и ноги, палач вдруг отрубил ему прежде всего голову, и Богу уже известно, каким образом это сделалось: не то палач был к тому от злодеев подкуплен, чтоб он не дал ему долго мучиться, не то произошло от действительной ошибки и смятения палача, никогда еще в жизнь свою смертной казни не производившего; но как бы то ни было, но мы услышали только, что стоявший там подле самого его какой-то чиновник вдруг на палача с сердцем закричал: “Ах, сукин сын! Что ты это сделал?” — И потом: “Ну скорее — руки и ноги”. С Перфильевым последовало то же самое».

После казни Пугачева и Перфильева их тела были выставлены на всеобщее обозрение у одной из московских застав, а затем сожжены вместе с телегами, на которых их везли, а пепел развеян палачами.

Реформы городского управления

Пугачевское восстание побудило императрицу реформировать систему местного управления.

Согласно изданным в 1775 г. «Учреждениям для управления губерний Всероссийской империи», было провозглашено новое административно-территориальное устройство и введена новая иерархическая система.

Отныне над губернаторами ставился главнокомандующий, которому верховная власть делегировала исключительные полномочия. Главнокомандующий отвечал перед императрицей за всё происходившее на вверенной ему территории. Ему подчинялась вся иерархия губернского управления во всех областях, но вместе с тем главнокомандующий не должен был подменять собой местную администрацию; его делом было наблюдать за соблюдением законности и порядка.

Реформа коснулась и судебной власти. Гражданское и уголовное судопроизводство было разделено между соответствующими палатами. Ниже уровнем были определены три сословных судебных учреждения: верхний земский суд (для дворян), губернский магистрат (для мещан и купцов), верхняя расправа (для государственных крестьян). Создавались также уездный земский суд, городовой магистрат и нижняя расправа.

Кроме того, был образован Совестный суд, в компетенцию которого входило решение конфликтных ситуаций до суда, а также дела о колдовстве, о нарушении свободы вероисповеданий и т.д.

Тогда же были введены еще два учреждения — Казенная палата, ведавшая финансовым управлением в губернии и сбором налогов, и Приказ общественного призрения, в компетенции которого состояли московские богадельни и другие подобные заведения.