В ходе расспросов хотя и не удалось добыть убедительных свидетельств о причастности царевны Софьи к восстанию, но было установлено, что царевна пользовалась у стрельцов популярностью как вероятная кандидатка на престол. Некоторые из зачинщиков мятежа показали, что вели переписку с Софьей, однако писем не было обнаружено.

27 сентября царь сам приехал к сестре и пытался добиться от нее признания, но безуспешно. Царевна отрицала любую связь с бунтовщиками.

Одновременно с началом стрелецкого розыска состоялись другие важные события — в августе 1698 г. царь приказал постричь в монахини и отправить в Суздаль свою жену Евдокию Федоровну Лопухину, а еще ранее — на первом же приеме в честь своего возвращения из-за границы — собственноручно отрезал бороды боярам и придворным.

Освобождены от этой унизительной по представлениям людей, придерживавшихся старомосковских обычаев, процедуры были только два человека — боярин князь Михаил Алегукович Черкасский и боярин Тихон Никитич Стрешнев — их обоих царь пощадил за старость и верную службу.

В сентябре начались первые казни. Секретарь австрийского посольства И.Корб, находившийся в это время в Москве, подробно описывает хронологию и подробности расправ со стрельцами (на публичную экзекуцию царь пригласил всех иностранных послов, находившихся в это время в Москве).

В первый же день казней Петр I собственноручно отрубил головы пяти стрельцам. Царь не только сам рубил головы, но и заставлял это делать придворных и офицеров. Любимец царя Меншиков хвастался, что казнил 20 стрельцов.

Далеко не все проявляли такое умение. Один боярин, по словам Корба, «отличился особенно неудачным ударом: не попав по шее осужденного, боярин ударил его по спине; стрелец, разрубленный таким образом, почти на две части, претерпел бы невыносимые муки, если бы Алексашка [Меншиков], ловко действуя топором, не поспешил отрубить несчастному голову».

Иные были колесованы на Красной площади. Большинство стрельцов были повешены. Их вешали не только на виселицах, но и на зубцах стен Белого города. Троих стрельцов повесили под окнами келии царевны Софьи в Новодевичьем монастыре.

Всего было казнено более тысячи человек. Лишь молодые стрельцы — от 14 до 20 лет были оставлены в живых — им были отрезаны носы и уши, и они были сосланы в пограничные гарнизоны. По свидетельству Корба, таким образом было наказано 500 человек.

Трупы казненных не убирались в течение пяти месяцев. Лишь в конце февраля 1699г. они были захоронены в братских могилах, вырытых за московскими заставами. Над могилами казненных царь приказал поставить каменные столбы с железными досками, на которых описывались преступления стрельцов.

Так же, как и подобный столб на Красной площади, поставленный после казни участников заговора Цыклера, эти столбы имели острые рожны, на которые были насажены головы казненных. К осени 1700г. подобные столбы были установлены на всех подъездах к столице. Так начался для Москвы XVIII век.

«Порфироносная вдова»

Одновременно с проведением розыска и казней ПетрI вел усиленные переговоры с представителями польского и датского дворов о заключении военного союза против Швеции. В ноябре 1699г. эти договоры были заключены, и царь начал готовиться к войне.

22 августа 1700г. Петр покинул Москву и двинулся к Нарве с тем, чтобы потерпеть под стенами этой крепости первое сокрушительное поражение от Карла XII, положившее начало изнурительной Северной войне.

Во время войны Петр I, и ранее не жаловавший Москву, бывал в ней редко. В 1703г. Петром был основан в устье Невы Санкт-Петербург, который и стал любимым местом пребывания царя, а с 1712г. — столицей Российского государства.

В то время как новый город рос и отстраивался под неусыпным наблюдением преобразователя, Москва терпела на себе все тяготы войны. В конце 1700г. вышел указ о чеканке медных денег. Его результатом стало не только пополнение казны, но и девальвация рубля и инфляция. В 1701г. царь приказал сломать в Кремле и в Китай-городе каменные дома бояр Одоевского и Салтыкова, здания Каменного и Судного приказов, церкви и иное «каменное строение».

Причины этого распоряжения не вполне ясны. В1714г., однако, вышел указ, запрещавший возведение каменных зданий во всех городах государства, кроме Санкт-Петербурга.

Многократно усилилось налоговое бремя. В 1699г. была проведена городская реформа. 30 января было обнародовано два указа — один касался управления Москвой, другой — управления в провинциальных городах. В Москве было указано создать особый орган для управления городом и сбора налогов — Бурмистрскую палату. Ее составляли выборные из купцов и посадских.

В результате выборов в состав Палаты вошли представители посадского населения 25 московских слобод и 8 бурмистров от Гостиной сотни. При этом основную роль в составе Палаты играли представители крупного купечества, которые взяли в свои руки сбор налогов.

Налоги с посадского населения увеличивались вдвое. Правительство комментировало реформу стремлением упорядочить налогообложение и избавить горожан от «многих приказных волокит», вводящих их в разорение. Однако основной целью реформы являлось, конечно, пополнение казны.

Примечательно, что указ предписывал обязательное введение бурмистрского управления в Москве, в то время как в других городах жители могли выбирать: оставаться ли им по-прежнему под управлением воевод или вводить у себя новую систему, но платить двойные налоги.

Причиной тому было то, что Москва, как и ранее, являлась крупнейшим торговым центром страны, на долю которого, например, в 1709г. приходилось 86,8% таможенных сборов со всего государства. Даже если принять неизбежные ошибки в исчислении, а также контрабанду и иные формы уклонения от налогов в провинции, эта цифра показывает то громадное значение, которое имела Москва во внутренней торговле России.

На практике значение московской Бурмистрской палаты не ограничилось сбором налогов в Москве и Московском уезде, а также административным и судебным управлением. На Палату были возложены задачи сбора налогов со всех российских городов, и она приобрела своеобразное значение главного городского казначейства.

Корыстолюбие бурмистров, ничуть не меньшее, чем прежних воевод и приказных, заставило царя ввести должность обер-инспектора Палаты, на которую был назначен Алексей Александрович Курбатов.

Курбатов стал известен царю в 1700г., когда в форме подметного письма подал предложение о введении по всему государству гербовой бумаги для написания прошений и иных документов. Курбатов был крепостным боярина Б.П.Шереметева, в 1697—1698 гг. сопровождал его в поездке по Европе, где и подметил этот способ пополнения казны.

Этот проект был сразу же введен в действие, а Курбатов освобожден от крепостной зависимости и пожалован в дьяки в Оружейную палату. Вскоре он получил своеобразную должность «прибыльщика» — изобретателя новых налогов.

А вслед за Курбатовым были пожалованы в прибыльщики и иные лица, которым было велено «чинить государю прибыли». В результате появились новые налоги— налог с дубовых гробов, бородовая пошлина и т.д.