Поскольку Советский Союз не подписал Сан-францисский мирный договор, между Советским Союзом и Японией были проведены отдельные переговоры о заключении мирного договора. Однако из-за расхождения позиций сторон по его территориальной статье согласия достигнуто не было.

В обменных письмах между первым заместителем министра иностранных дел СССР А.А. Громыко и полномочным представителем правительства Японии С. Мацумото от 29 сентября 1956 г. зафиксировано согласие сторон на продолжение после восстановления дипломатических отношений переговоров о заключении мирного договора, включающего и территориальный вопрос. Обмен указанными письмами открыл путь к восстановлению советско-японских дипломатических отношений и подписанию Совместной декларации СССР и Японии.

Совместная декларация СССР и Японии от 19 октября 1956 г. прекращала состояние войны и восстанавливала дипломатические и консульские отношения между двумя странами. В Совместной декларации зафиксировано согласие СССР и Японии на продолжение после восстановления нормальных дипломатических отношений переговоров о заключении мирного договора, а также согласие Советского Союза на передачу Японии островов Хабомаи и Шикотан после заключения мирного договора.

Совместная декларация СССР и Японии была утверждена парламентом Японии 5 декабря 1956 г. и ратифицирована Президиумом Верховного Совета СССР 8 декабря 1956 г. Обмен ратификационными грамотами был произведен в Токио 12 декабря 1956 г.

В 1960 г. Советский Союз в связи с заключением нового японо-американского договора безопасности дополнительно обусловил возвращение Японии островов Хабомаи и Шикотан выводом с японской территории всех иностранных войск. В ответ правительство Японии выдвинуло возражение, заключающееся в том, что нельзя в одностороннем порядке менять содержание Совместной декларации СССР и Японии, которая является договором, ратифицированным парламентами обеих стран.

Позднее с советской стороны стали делаться заявления о том, что территориальный вопрос в отношениях между СССР и Японией решен в результате второй мировой войны и как таковой вообще не существует.

В Совместном советско-японском заявлении от 10 октября 1973 г. по итогам переговоров на высшем уровне в Москве было отмечено, что «урегулирование нерешенных вопросов, оставшихся со времен второй мировой войны, и заключение мирного договора внесут вклад в установление подлинно добрососедских и дружественных отношений между обеими сторонами».

В Совместном советско-японском заявлении от 18 апреля 1991 г. по итогам переговоров на высшем уровне в Токио сказано, что стороны провели «переговоры по всему комплексу вопросов, касающихся разработки и заключения мирного договора между СССР и Японией, включая проблему территориального размежевания, с учетом позиций сторон о принадлежности островов Хабомаи, острова Шикотан, острова Кунашир и острова Итуруп». В Заявлении подчеркивается также важность ускорения работы по заключению мирного договора.

После образования в декабре 1991 г. Содружества Независимых Государств и признания Японией Российской Федерации в качестве государства-продолжателя СССР переговоры по мирному договору, которые велись между СССР и Японией, продолжаются между Японией и Российской Федерацией.

За прошедший период в российско-японских отношениях произошли крупные позитивные изменения, в основе которых – осуществление российским руководством политики демократических и рыночных реформ и последовательная поддержка этого курса Правительством Японии, а также стремление Токио к более самостоятельной и инициативной роли в мировых делах.

Отношения с Японией развиваются в качественно новом формате: обоюдная приверженность универсальным демократическим ценностям, отсутствие идеологической и военной конфронтации, ослабление японской стороной прежде плотной увязки расширения двусторонних связей с нерешенными проблемами, наличие глубокой взаимной заинтересованности в сотрудничестве на международной арене в постконфронтационный период. На высшем уровне согласованы базовые принципы развития отношений:

· взаимное доверие,

· взаимная выгода,

· долгосрочность,

· тесное экономическое сотрудничество.

Это позволило выйти на исторический результат – подписание в Москве в ноябре 1998 г. в ходе встречи на высшем уровне Московской декларации, поставившей задачу строительства между двумя странами долгосрочного созидательного партнерства.

Поддерживается регулярный и доверительный диалог на высшем уровне. Состоялись неофициальная встреча президента России В.В. Путина с премьер-министром Японии Ё. Мори в Санкт-Петербурге (апрель 2000 г.), встреча В.В. Путина с Ё. Мори в 2000 г. на Окинаве и в Брунее в ходе форума АТЭС в ноябре 2000 г., официальный визит В.В. Путина в Токио в сентябре 2000 г.

25 марта 2001 г. в Иркутске состоялась рабочая встреча президента Российской Федерации В.В. Путина с премьер-министром Японии Ё. Мори, в ходе которой было подтверждено обоюдное понимание стратегического значения российско-японских отношений для обеих стран и под этим углом зрения подчеркнуто намерение продолжать их поступательное развитие, прежде всего в таких приоритетных областях как стратегическое взаимодействие на мировой арене, расширение торгово-экономического и иного практического сотрудничества, продолжение переговоров о заключении мирного договора, включая взаимоприемлемое решение проблемы пограничного размежевания.

По итогам встречи подписано Иркутское заявление президента Российской Федерации и премьер-министра Японии о дальнейшем продолжении переговоров по проблеме мирного договора.

7 мая 2001 г. состоялся телефонный разговор В.В. Путина с новым премьер-министром Японии Дз. Коидзуми, который возглавил правительство Японии в конце апреля 2001 г. Стороны договорились сохранять преемственность курса на поступательное развитие двусторонних отношений на основе достигнутого к настоящему моменту позитива.

В программной речи в парламенте Японии 7 мая 2001 г. Дз. Коидзуми подчеркнул намерение твердо сохранять преемственность всех предшествующих позитивных достижений, включая результаты Иркутской встречи на высшем уровне.

В целом уровень двусторонних торгово-экономических связей нельзя признать удовлетворительным, хотя тенденции к улучшению наблюдаются. В 2000 г. товарооборот составил 5,125 млрд. долл. (рост на 21,3% по сравнению с 1999 г.). В 1994 г. учреждена и действует Российско-Японская Межправительственная комиссия по торгово-экономическим вопросам (МПК). Ее очередное, четвертое заседание состоялось 2 ноября 2000 г. в Москве.

Для поддержки российских реформ правительство Японии предоставило России кредитно-финансовое содействие в разных формах на общую сумму, превышающую 6 млрд. долл.

Происходит освоение новых, «закрытых» ранее областей сотрудничества: контакты по военной линии, между пограничными и правоохранительными ведомствами и т.д. В августе 1999 г. руководителями военных ведомств впервые был подписан Меморандум о создании основ для развития диалога и контактов между Министерством обороны Российской Федерации и Управлением обороны Японии. В ходе официального визита В.В. Путина в Японию в сентябре 2000 г. подписаны Меморандум о сотрудничестве между правительством Российской Федерации и правительством Японии в правоохранительной области и Меморандум об основах развития сотрудничества между Федеральной пограничной службой Российской Федерации и Управлением безопасности на море Японии.