Переход на обязательное определение даты возникновения обязанности по уплате НДС всеми налогоплательщиками по методу начисления исключил обязательность факта оплаты НДС по приобретенным товарам для применения налогового вычета. Это является существенным послаблением для всех налогоплательщиков. Вместе с тем, обязательность факта оплаты остается необходимой при применении товарообменных операций, при расчетах ценными бумагами, что соответственно негативно отражается на взаимоотношениях с контрагентами, которые в силу определенных причин используют данные формы расчетов.

Переход на уведомительный порядок применения нулевой ставки НДС и единую налоговую декларацию не привел к уменьшению пакета документации по нулевой ставке НДС, который по-прежнему слишком объемен. При этом использование единой декларации по НДС влечет дополнительные риски для экспортеров, поскольку камеральная проверка проводится в течение 3-х месяцев, а по ее результатам налоговые органы могут решить, что предприятие не имело права на нулевую ставку НДС. В этом случае раньше налогоплательщику отказали бы в возмещении, а теперь в связи с тем, что в единой декларации отражены внутрироссийские обороты, налоговые органы соответственно могут и доначислить налог, пени и оштрафовать предприятие. Это негативно сказывается на его хозяйственной деятельности. В том случае, если предположим, за какой-то налоговый период было отказано в возмещении НДС, то при подаче уточненной декларации налоговый орган вновь требует представить полный пакет подтверждающих документов при камеральном контроле. Соответственно данный факт вынуждает предприятия увеличивать штат служб и, как следствие, увеличиваются затраты организации на администрирование налогов.

Кроме того, налоговые органы, как показывает практика, отказывают в применении налоговых вычетов или в возмещении налога по первоначальной декларации, если до окончания камеральной проверки представлена уточненная декларация. Соответственно, увеличивается срок для проведения камеральной проверки, начиная с даты представления уточненной декларации, даже если разница между первоначальной и уточненной декларациями составила 100 рублей. Данный факт ведет к судебным разбирательствам, что также требует дополнительных расходов налогоплательщика.

Переход на уведомительный порядок применения ставки НДС 0% и налоговых вычетов носит во многом декларативный характер по следующим дополнительным причинам:

- Переход на новый порядок подтверждения права на применение нулевой ставки не повлек за собой изменение полномочий налоговых органов в рамках проведения соответствующих контрольных мероприятий

- Действующая система налогового администрирования НДС (в т.ч. программное обеспечение, установленное в налоговых органах) оказалась не приспособленной к переходу на уведомительный порядок.

- Продекларировав уведомительный порядок применения ставки НДС 0% и налоговых вычетов, законодатель не обеспечил внесение изменений в НК РФ, обеспечивающих однозначность применения норм, регламентирующих порядок применения ставки 0%. Так, до настоящего времени сохраняется неопределенность с порядком применения подпункта 2 пункта 1 статьи 164 НК РФ, поскольку указанная норма не содержит признаков, позволяющих однозначно квалифицировать работы (услуги) как «непосредственно связанные с производством и реализацией товаров», вывезенных в таможенном режиме экспорта.

Кроме того, действующий перечень документов, которые должны быть представлены налогоплательщиком для подтверждения права на применение ставки НДС 0%, представляется избыточным. Учитывая, что в соответствии с НК РФ налогообложение по ставке 0% производится при реализации товаров, «вывезенных в таможенном режиме экспорта», для обоснования применения при экспорте товаров нулевой ставки НДС как налога на внутреннее потребление (т.е. при использовании принципа страны назначения) необходимо обеспечить именно подтверждение факта его вывоза за пределы таможенной территории.

Для этих целей необходим лишь один документ – таможенная декларация (ее копия) с отметкой российского таможенного органа, осуществившего выпуск товаров в режиме экспорта. Наличие остальных документов (копии контракта с иностранным покупателем, копии транспортных и товаросопроводительных документов с отметкой таможенных органов) как правило, либо является подтверждением факта возникновения и исполнения обязательств сторон (контракт и выписка банка), либо дублирует подтверждение факта вывоза товара (копии транспортных документов). При этом указанные документы не служат целям повышения качества налогового контроля, однако их неправильное оформление, как правило, является основанием для отказа в признании правомерности применения нулевой ставки НДС, тем самым, создавая возможности для злоупотреблений со стороны представителей налоговых органов.

Возможность принятия к вычету налога, уплаченного поставщикам при осуществлении капитального строительства по мере затрат до завершения строительства, с одной стороны, привела к положительному результату: суммы «входного» НДС по товарам, приобретенным для строительства, принимаются к вычету в общем порядке – по мере принятия к учету этих товаров, независимо от факта оплаты поставщику. Но в тоже время, если ранее по строительно-монтажным работам начисление НДС производилось один раз при вводе в эксплуатацию, то теперь НДС начисляется по окончании каждого налогового периода, исходя из суммы расходов на строительство за соответствующий период. При этом к вычету НДС принимается также как и раньше – по мере фактической уплаты. При своевременной уплате налога в бюджет уже в следующем налоговом периоде организация сможет заявить эту сумму НДС к вычету (т.е. через квартал). Получается, если организация заплатила НДС в апреле 2008 года, то данный налог у такой организации возместится только в июле 2008 года при оплате очередного начисленного платежа.

Либерализация порядка применения налоговых вычетов при осуществлении капитального строительства также носит во многом декларативный характер. Связано это с тем, что суммы налога, предъявленные налогоплательщику подрядными организациями (заказчиками – застройщиками) при проведении ими капитального строительства, сборке основных средств, с 1 января 2006 года подлежат вычету «в общем порядке», т.е. на основании счетов-фактур после принятия на учет указанных работ при наличии соответствующих первичных документов.

При этом НК РФ не определяет значение термина «принятие работ на учет» для целей применения налоговых вычетов. Это создает значительные налоговые риски для налогоплательщиков, выступающих заказчиками по договорам подряда. В частности, в ситуациях, когда в договоре подряда выделены этапы работ, но сделана оговорка о том, что риск случайной гибели результата работ сохраняется за подрядчиком до момента приемки заказчиком объекта в целом. Сущность риска состоит в том, что подписание актов приемки-передачи результатов отдельных этапов работ не признается приемкой работ заказчиком, следовательно, у него: