Часто встречаются факты завышения или занижения прогнозных данных по тем или иным доходным источникам, что в свою очередь дестабилизирует исполнение бюджетов различных уровней.

Законодательно определенные процедуры установления долговременных размеров бюджетных изъятий и субвенций на практике реализуются не в достаточной степени.

Расходы местных бюджетов сконцентрированы в основном на текущих затратах, и существует неопределенность в закреплении капитальных затрат. Текущий механизм трансфертов не содержит важных факторов оценки состояния регионов, непрозрачен и нуждается в постоянной корректировке из центра.

Действующая система трансфертов по сути дублирует старый механизм «латания дыр» методом регулирования изъятий и субвенций и тем самым уравновешивает бюджеты областей.

Планы расходов не всегда увязываются с приоритетами развития страны. Недостаточная прозрачность исполнения республиканского и местных бюджетов ведет к неэффективному управлению государственными расходами.

В связи с выше перечисленными проблемами системы местного налогообложения основными стратегическими задачами налогово-бюджетной политики являются:

- обеспечение стабильности налоговой системы;

- обеспечение роста налоговых поступлений в бюджет до уровня 30% ВВП;

- совершенствование налогового законодательства;

- систематизация налоговых льгот;

- реализация принципов бюджетной децентрализации;

- осуществление ориентации бюджетной политики на развитие социально-экономической сферы государства во взаимосвязи со стратегией развития;

- усовершенствование системы межбюджетных трансфертов; - достижение стабилизации и постепенного сокращения государственного долга по отношению к ВВП;

- усовершенствование системы бюджетного планирования;

- обеспечение прозрачности бюджета.

Необходимо в законодательном порядке закрепить принцип стабильности налогового законодательства, поскольку частые изменения, вносимые в налоговое законодательство, отрицательно влияют на экономическую среду в стране.

По мере укрепления финансово-банковской системы, аграрного сектора экономики, становления малого предпринимательства как среднего класса общества, укрепления экономической основы социальной сферы необходимо принять новую редакцию Налогового кодекса.

С укреплением доходной части и ростом возможностей государственного бюджета необходимо от политики самовыживания населения и предоставления налоговых льгот отдельным секторам экономики перейти к усилению роли прямой поддержки государством социально уязвимых слоев населения, а также неэффективных, но имеющих большое социальное значение секторов экономики.

Рост налоговых поступлений в государственный бюджет будет обеспечиваться за счет улучшения налогового администрирования и неукоснительного соблюдения норм налогового законодательства.

В ближайшие годы уровень налоговых и неналоговых поступлений в государственный бюджет по отношению к ВВП достигнет 30%, учитывая, что с каждым десятилетием доля ВВП, распределяемая во всех развитых странах, закономерно растет и приближается к 50% ВВП.

Таким образом, совершенствование системы местного налогообложения заключается в совершенствовании законодательной базы, а также в совершенствовании механизма обложения.

В настоящее время одним из стратегических факторов социально – экономического развития страны является развитие малого предпринимательства. Поскольку вклад малых предприятий в социально-экономическом развитии государств, в пополнении доходных статей бюджетов разных уровней, в том числе и местных бюджетов, в создании новых рабочих мест становится все более весомым.

Поэтому одним из приоритетных направлений экономической политики, проводимой в настоящее время в Казахстане, является становление и развитие малого предпринимательства.

Исключительно важное значение для государства имеет создание благоприятных налогового механизма для развития частного сектора на собственной основе. Активные приватизационные процессы в начале 90‑х годов создали в стране базу для становления и развития малого предпринимательства. Начиная с 1997 года, в Казахстане значительно активизировалась государственная поддержка малого предпринимательства. Ранее принятые Указы Президента Республики Казахстан «О хозяйственных товариществах», «О производственном кооперативе», «О дополнительных мерах по усилению государственной поддержки и активизации развития малого предпринимательства» дополнились двумя Указами Президента, четырьмя Законами, 14-ю постановлениями Правительства, 11‑ю нормативными актами министерств и ведомств. В целях совершенствования государственной политики в области поддержки и развития предпринимательства, укрепления законности в деятельности государственных органов, осуществляющих надзорные и контролирующие функции, активно велась работа по снятию ненужных административных барьеров, защите прав и интересов частного предпринимательства.

Принят ряд постановлений Правительства Республики Казахстан, регламентирующих порядок проведения проверок субъектов частного предпринимательства со стороны государственных контролирующих органов, разработаны Правила регистрации актов о назначении проверок субъектов предпринимательства государственными органами, введен единый статистический учет всех проверок хозяйствующих субъектов.

В целом, в республике создан конкурентный рынок товаров и услуг и определены институциональные меры поддержки и развития малого предпринимательства. Все это положительно влияет на развитие малого предпринимательства. Так по состоянию на начало 2009 года в республике зарегистрировано 145,1 тыс. субъектов малого предпринимательства, что на 10,9% больше, чем в 2008 г. При этом действующие субъекты малого предпринимательства составляют 71,2% от количества зарегистрированных.

Динамичному развитию малого бизнеса способствуют инструменты налогового механизма РК. Необходимо отметить, что основными налогами и платежами в местный бюджет, уплачиваемыми субъектами малого и среднего предпринимательства являются следующие: индивидуальный подоходный налог; акцизы; социальный налог; земельный налог; единый земельный налог; налог на транспортные средства; налог на имущество; сбор за регистрацию юридических лиц; сбор за регистрацию индивидуальных предпринимателей; лицензионный сбор за право занятия отдельными видами деятельности.

В течение 2005–2009 годов в Налоговый кодекс Республики Казахстан были внесены изменения и дополнения, связанные с дальнейшим снижением налогового бремени для субъектов малого бизнеса.

Анализ функционирования налогового механизма на современном этапе подтвердил тот факт, что безусловным приоритетом современного развития должен стать переход к формированию конкурентных преимуществ на основе ускоренного инновационного обновления производства.

К числу наиболее острых проблем следует отнести не урегулированные в действующем налоговом механизме проблемы:

- восстановления основных средств за счет не облагаемых подоходным налогом затрат;