Выездная налоговая проверка проводится на основании решения руководителя (его заместителя) налогового органа[46].

Данный вид налоговой проверки проводится в отношении налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов (организаций, их филиалов и представительств, индивидуальных предпринимателей) по одному или нескольким налогам. Статья 89 НК РФ напрямую не указывает категории организаций или физических лиц, в отношении которых могут проводиться выездные налоговые проверки. Однако ст. 100 НК РФ, устанавливающая порядок оформления результатов выездной налоговой проверки, предусматривает, что акт выездной налоговой проверки подписывается и вручается руководителю организации-налогоплательщика или индивидуальному предпринимателю (либо их представителям). Таким образом, выездная налоговая проверка должна проводиться только в отношении организаций (их филиалов или представительств) или индивидуальных предпринимателей, включая лиц, имеющих лицензии на занятие частной практикой. Иными словами, выездная налоговая проверка не должна проводиться в отношении физических лиц, не являющихся предпринимателями, тем более что доступ должностных лиц налоговых органов в жилые помещения без согласия проживающих в них лиц не допускается (ст. 91 НК РФ).

В случаях, когда выездная налоговая проверка проводится по нескольким налогам, она носит характер тематической выездной налоговой проверки, например, если осуществляется только по косвенным налогам. Если выездная налоговая проверка проводится по всем налогам, то она носит характер комплексной налоговой проверки.

Налоговый орган не вправе проводить в течение одного календарного года две выездные налоговые проверки и более по одним и тем же налогам за один и тот же период. Выездная налоговая проверка не может продолжаться более двух месяцев, но в исключительных случаях вышестоящий налоговый орган может увеличить продолжительность выездной налого­вой проверки до трех месяцев.

При проведении выездных проверок орга­низаций, имеющих филиалы и представительства, срок проведения про­верки увеличивается на один месяц на проведение проверки каждого филиала и представительства. Налоговые органы вправе проверять филиа­лы и представительства налогоплательщика (налогового агента, плательщика сбора) независимо от проведения проверок самого налогоплательщика (налогового агента, плательщика сбора). Данное положение по сути своей является исключением из правила, согласно которому выездные проверки проводятся только в отношении самостоятельных налогоплательщиков, к которым филиалы и представительства не относятся. Тем не менее, проведение выездных налоговых проверок филиалов и представительств независимо от организации-налогоплательщика вызвано реальностями правоприменительной практики, когда разветвленная сеть филиалов и значительная территориальная удаленность филиалов от организации в различных субъектах РФ привела к необходимости введения данной нормы в целях эффективности осуществления налогового контроля на всей территории России.

Срок проведения проверки включает в себя время фактического нахождения проверяющих на терри­тории проверяемого налогоплательщика, плательщика сбора или налогово­го агента. В связи с этим течение двухмесячного срока должно начинаться не с момента назначения выездной налоговой проверки, а с момента предъявления руководителю (лицу, исполняющему его обязанности) проверяемой организации или индивидуальному предпринимателю решения (постановления) руководителя налогового органа на проведение выездной налоговой проверки[47]. Датой окончания проверки является дата составления проверяющими должностными лицами справки о проведенной проверке. Кроме того, в указанные сроки не засчитываются периоды между вручением налогоплательщику (налоговому агенту) требования о представлении документов и представлением им запрашиваемых при проведении проверки документов.

Выездная налоговая проверка, осуществляемая в связи с реорга­низацией или ликвидацией организации — налогоплательщика, платель­щика сбора — организации, а также вышестоящим налоговым органом в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего проверку, может проводиться независимо от времени проведения преды­дущей проверки.

При необходимости уполномоченные должностные лица налоговых органов, осуществляющие выездную налоговую проверку, могут прово­дить инвентаризацию имущества налогоплательщика, а также произво­дить осмотр (обследование) производственных, складских, торговых и иных помещений и территорий, используемых налогоплательщиком для извлечения дохода либо связанных с содержанием объектов налогообло­жения, в порядке, установленном статьей 92 НК РФ.

При наличии у осуществляющих проверку должностных лиц доста­точных оснований полагать, что документы, свидетельствующие о совершении правонарушений, могут быть уничтожены, скрыты, изменены или заменены, производится выемка этих документов в порядке, предусмотренном статьей 94 НК РФ, по акту, составленному этими должностными лицами. В акте о выемке документов должна быть обо­снована необходимость выемки и приведен перечень изымаемых докумен­тов. Налогоплательщик имеет право при выемке документов делать за­мечания, которые должны быть по его требованию внесены в акт. Изъятые документы должны быть пронумерованы, прошнурованы и скреплены пе­чатью или подписью налогоплательщика (налогового агента, плательщика сбора). В случае отказа налогоплательщика (налогового агента, платель­щика сбора) скрепить печатью или подписью изымаемые документы об этом делается специальная отметка. Копия акта о выемке документов передается налогоплательщику (налоговому агенту, плательщику сбора).

Форма решения руководителя (заместителя руководителя) налогового органа о проведении выездной налоговой проверки разрабатывается и утверждается Министерством Российской Федерации по налогам и сборам.

Глубина выездной налоговой проверки, т.е. временной период деятельности налогоплательщика, плательщика сбора или налогового агента, который может быть охвачен налоговой проверкой, составляет три календарных года, непосредственно предшествовавших году проведения проверки.

По окончании выездной налоговой проверки проверяющий составляет справку о проведенной проверке, в которой фиксируются предмет проверки и сроки ее проведения.

По результатам выездной налоговой проверки не позднее двух месяцев после составления справки о проведенной проверке уполномоченными должностными лицами налоговых органов должен быть составлен в установленной форме акт налоговой проверки, подписываемый этими лицами и руководителем проверяемой организации либо индивидуальным предпринимателем, либо их представителями. Об отказе представителей организации подписать акт делается соответствующая запись в акте. В случае, когда указанные лица уклоняются от получения акта налоговой проверки, это должно быть отражено в акте налоговой про­верки.

Также в акте налоговой проверки должны быть указаны документально подтвержденные факты налоговых правонарушений, выявленные в ходе проверки, или отсутствие таковых, а также выводы и предложения проверяющих по устранению выявленных нарушений и ссылки на статьи Налогового Кодекса РФ, предусматривающие ответственность за данный вид налоговых правонарушений